RDKit | 基于相似图可视化原子贡献

        尝试使用相似度图的方法来可视化每个原子对特定描述符的贡献。 虽然使用了相似图（SimilarityMaps），但它们仅基于每个原子的贡献而可视化，与分子的相似性无关。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase, Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw, rdMolDescriptors
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pubchempy as pcp
     
    
   

    

     

    
    

     

      %matplotlib inline
     
    
  
 

载入数据

  

   

    

     

    
    

     

      taxol = pcp.get_compounds('Paclitaxel', 'name')
     
    
   

    

     

    
    

     

      taxol = taxol[0]
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      sm = taxol.canonical_smiles
     
    
   

    

     

    
    

     

      taxol_mol = Chem.MolFromSmiles(sm)
     
    
  
 

相似度图和原子贡献率

该方法可以基于每个原子对分子特性的贡献权重进行可视化。 

weights = SimilarityMaps.GetAtomicWeightsForFingerprint(taxol_mol,taxol_mol, SimilarityMap
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/102505583