RDKit | 基于RDKit(≥2020.09.1)的相似图绘制新方法

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DrugAI 发表于 2021/07/15 01:09:51 2021/07/15
【摘要】   导入库 from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem.Draw import SimilarityMapsfrom IPython.display import SVGimport numpy as npimport rdkitprint(rdkit.__version__)...

 

导入库


  
  1. from rdkit import Chem
  2. from rdkit.Chem import Draw
  3. from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
  4. from IPython.display import SVG
  5. import numpy as np
  6. import rdkit
  7. print(rdkit.__version__)
2020.09.1

基于Morgan指纹的相似图绘制


  
  1. atorvastatin = Chem.MolFromSmiles('O=C(O)C[C@H](O)C[C@H](O)CCn2c(c(c(c2c1ccc(F)cc1)c3ccccc3)C(=O)Nc4ccccc4)C(C)C')
  2. rosuvastatin = Chem.MolFromSmiles('OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)\C=C\c1c(C(C)C)nc(N(C)S(=O)(=O)C)nc1c2ccc(F)cc2')
  3. Draw.MolsToGridImage((atorvastatin,rosuvastatin))


  
  1. d = Draw.MolDraw2DSVG(400, 400)
  2. _, maxWeight = SimilarityMaps.G

文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。

原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/112236293

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