RDKit | 基于RDKit(≥2020.09.1)的相似图绘制新方法

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
     
    
   

    

     

    
    

     

      from IPython.display import SVG
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import rdkit
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(rdkit.__version__)
     
    
  
 

2020.09.1

基于Morgan指纹的相似图绘制

  

   

    

     

    
    

     

      atorvastatin = Chem.MolFromSmiles('O=C(O)C[C@H](O)C[C@H](O)CCn2c(c(c(c2c1ccc(F)cc1)c3ccccc3)C(=O)Nc4ccccc4)C(C)C')
     
    
   

    

     

    
    

     

      rosuvastatin = Chem.MolFromSmiles('OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)\C=C\c1c(C(C)C)nc(N(C)S(=O)(=O)C)nc1c2ccc(F)cc2')
     
    
   

    

     

    
    

     

      Draw.MolsToGridImage((atorvastatin,rosuvastatin))
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      d = Draw.MolDraw2DSVG(400, 400)
     
    
   

    

     

    
    

     

      _, maxWeight = SimilarityMaps.G
     
    
  
 

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