RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图

化学信息学中有许多网络结构化数据。例如分子，分子相似图和MMP等。

Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件

基于RDKit和Cytoscape绘制分子的相似图。

py2cytoscape安装

pip install py2cytoscape
 

cyjupyter安装

  

   

    

     

    
    

     

      pip install cyjupyter
     
    
   

    

     

    
    

     

      jupyter nbextension enable --py --sys-prefix cyjupyter
     
    
  
 

RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import os
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import igraph
     
    
   

    

     

    
    

     

      from py2cytoscape import util
     
    
   

    

     

    
    

     

      from cyjupyter import Cytoscape
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import RDConfig
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
  
 

载入数据

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