RDKit | 可视化分子来自于xyz文件

                                              通过xyz文件可视化小分子

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from __future__ import print_function
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      from IPython.display import SVG
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdDepictor
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
     
    
  
 

定义mol转svg函数

  

   

    

     

    
    

     

      def moltosvg(mol,molSize=(450,150),kekulize=True):
     
    
   

    

     

    
    

     

       mc = Chem.Mol(mol.ToBinary())
     
    
   

    

     

    
    

     
 if kekulize:
     
    
   

    

     

    
    

     
 try:
     
    
   

    

     

    
    

     

       Chem.Kekulize(mc)
     
    
   

    

     

    
    

     
 except:
     
    
   

    

     

    
    

     

       mc = Chem.Mol(mol.ToBinary())
     
    
   

    

     

    
    

     
 if not mc.GetNumConformers():
     
    
   

    

     

    
    

     

       rdDepictor.Compute2DCoords(mc)
     
    
   

    

     

    
    

     

       drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(molSize[0],molSize[1])
     
    
   

    

     

    
    

     

       drawer.DrawMolecule(mc)
     
    
   

    

     

    
    

     

       drawer.FinishDrawing()
     
    
   

    

     

    
    

     

       svg = drawer.GetDrawingText()
     
    
   

    

     

    
    

     
 return svg
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      def render_svg(svg):
     
    
   

    

     

    
    

     

       r
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/102589553