RDKit | 可视化分子来自于xyz文件

                                              通过xyz文件可视化小分子

导入库

      from __future__ import print_function
      from rdkit import Chem
      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
      from IPython.display import SVG
      from rdkit.Chem import rdDepictor
      from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
  
 

定义mol转svg函数

      def moltosvg(mol,molSize=(450,150),kekulize=True):
       mc = Chem.Mol(mol.ToBinary())
      if kekulize:
      try:
       Chem.Kekulize(mc)
      except:
       mc = Chem.Mol(mol.ToBinary())
      if not mc.GetNumConformers():
       rdDepictor.Compute2DCoords(mc)
       drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(molSize[0],molSize[1])
       drawer.DrawMolecule(mc)
       drawer.FinishDrawing()
       svg = drawer.GetDrawingText()
      return svg
      def render_svg(svg):
       r
  
 

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