RDKit | 读取PDB文件并可视化

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      print('rdkit version: ',rdBase.rdkitVersion)
     
    
  
 

读取pdb文件

  

   

    

     

    
    

     

      mol = AllChem.MolFromPDBFile('mol.pdb')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol
     
    
  
 

Mol对象转换smiles

  

   

    

     

    
    

     

      molsmiles = Chem.MolToSmiles(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      molsmiles
     
    
  
 

'CSCC[C@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@@H]([NH3+])CCCNC(N)=[NH2+])C(=O)N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)[O-])C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)[O-]'

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