RDKit | 化合物描述符向量化及部分结构检索

numpy的vectorization

arrays很重要因为它提供了可以批处理数据而不需要写任何for循环，叫做vectorization；

化合物描述符向量化及相似性检索

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      from numpy import vectorize as vec
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Descriptors,PandasTools
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.AllChem import Compute2DCoords
     
    
  
 

载入数据并查看

  

   

    

     

    
    

     

      mols = PandasTools.LoadSDF("cdk2.sdf",smilesName='SMILES',molColName='Molecule',includeFingerprints=True)
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols.head()
     
    
  
 

可

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