RDKit：化合物亚结构（Substructure）搜索（基于Python3）

代码示例：

  

   

    

     

    
    

     

      #导入依赖包
     
    
   

    

     

    
    

     

      #!/usr/bin/python3
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem as ch
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw as d
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #载入分子库
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      suppl = ch.SDMolSupplier('drugbank.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols = [x for x in suppl if x is not None]
     
    
   

    

     

    
    

     

      print (len(mols)) #获取分子数目
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #载入substructure结构
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      pattern = ch.MolFromSmarts('[CX3](=O)[OX2H1]')
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #亚结构匹配
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      matching_molecules = [m for m in mols if m.HasSubstructMatch(pattern)]
     
    
   

    

     

    
    

     

      print (len(matching_molecules)) #统计匹配分子数目
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #输出匹配的前十个分子
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      result = [m for m in matching_molecules[:10]]
     
    
   

    

     

    
    

     

      map(ch.Compute2DCoords, result)
     
    
   

    

     

    
    

     

      img = d.MolsToGridImage(result, kekulize=False, subImgSize=(400,400),
     
    
   

    

     

    
    

     

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