RDKit | 基于RDKit的氨基酸序列转换为SMILES

一个氨基酸序列代表的化合物转换为MOL对象，并计算出该分子的描述符，用于机器学习。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      IPythonConsole.ipython_useSVG = True
     
    
  
 

载入数据

  

   

    

     

    
    

     

      peptide_smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA("RGDfK"))
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(peptide_smiles)
     
    
  
 

N=C(N)NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O

绘制多肽

  

   

    

     

    
    

     

      peptide_mol = Chem.MolFromSmiles(peptide_smiles)
     
    
   

    

     

    
    

     

      peptide_mol
     
    
  
 

 绘制带原子索引的多肽

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/111975800