RDKit | 基于RDKit的氨基酸序列转换为SMILES
【摘要】 一个氨基酸序列代表的化合物转换为MOL对象，并计算出该分子的描述符，用于机器学习。
导入库
from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsoleIPythonConsole.ipython_useSVG = True
载入数据
peptid...
一个氨基酸序列代表的化合物转换为MOL对象，并计算出该分子的描述符，用于机器学习。
导入库
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
IPythonConsole.ipython_useSVG = True
载入数据
peptide_smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA("RGDfK"))
print(peptide_smiles)
N=C(N)NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O
绘制多肽
peptide_mol = Chem.MolFromSmiles(peptide_smiles)
peptide_mol
绘制带原子索引的多肽
文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。
原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/111975800
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