RDKit | 化合物SDF文件转换为SMILES存储为CSV

将化合物格式SDF文件转换为CSV文件。

• 读取SDF中的属性并输出为CSV项目
• 不必使每个化合物的属性具有相同的属性（输出不为空的属性）。

  

   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      import argparse
     
    
   

    

     

    
    

     

      from collections import defaultdict
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      def main():
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

       parser = argparse.ArgumentParser()
     
    
   

    

     

    
    

     

       parser.add_argument("-input", type=str, required=True)
     
    
   

    

     

    
    

     

       parser.add_argument("-output", type=str, required=True)
     
    
   

    

     

    
    

     

       parser.add_argument("-save_name", action='store_true', help="store header line as _Name")
     
    
   

    

     

    
    

     

       args = parser.parse_args()
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     
 # Read SDF
     
    
   

    

     

    
    

     

       sdf_sup = Chem.SDMolSupplier(args.input)
     
    
   

    

     

    
    

     

       Props = []
     
    
   

    

     

    
    

     
 if args.save_name:
     
    
   

    

     

    
    

     

       Props.append("_Name")
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     
 for mol in sdf_sup:
     
    
   

    

     

    
    

     
 for name in mol.GetPropNames():
     
    
   

    

     

    
    

     
 if name not in Props:
     
    
   

    

     

    
    

     

       Props.append(name)
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     
 # dictionary for storing data
     
    
   

    

     

    
    

     

       param_dict = defaultdict(list)
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     
 # Read 
     
    
  
 

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