RDKit | 基于RDKit的SMILES转canonical SMILES

 基于RDKit的SMILES String转canonical SMILES String

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
  
 

SMILES转RDKit的Mol对象 

  

   

    

     

    
    

     

      testsmi = '[H][C@@]12CC[C@H](O)[C@@]1(C)CC[C@]1([H])C3=C(CC[C@@]21[H])C=C(O)C=C3'
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol = Chem.MolFromSmiles(testsmi)
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol
     
    
  
 

RDKit的Mol对象转canonical SMILES

  

   

    

     

    
    

     

      canonical_smi = Chem.MolToSmiles(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      canonical_smi
     
    
  
 

C[C@]12CC[C@@H]3c4ccc(O)cc4CC[C@H]3[C@@H]1CC[C@@H]2O

  

   

    

     

    
    

     

      canonical_mol = Chem.MolFromSmiles(canonical_smi)
     
    
   

    

     

    
    

     

      canonical_mol
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/105072782