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RNN,CNN简要介绍
 RNN主要特点本身的循环结构，可以处理位置信息；处理不定长度的序列。缺点长期的记忆能力缺失；顺序处理，速度很慢 CNN输入一段句子经过embedding后，就会变成一个尺寸为len(sentence)*len(emb)的矩阵，也就是句子的长度乘以词向量的长度，因此CNN就可以把文本看成图像那样处理了。操作过程CNN通过卷积核从文本向量中提取特征，一个dk大小的卷积核从第一个词开始，从前往后...
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2022-03-31 12:33:23
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GCN公式推理简版
GCN概念：图的邻接矩阵变为图的拉普拉斯矩阵然后做特征分解，定义在傅里叶domain上laplace普拉斯矩阵L = D-A通过邻接矩阵，构造邻接矩阵的拉普拉斯矩阵，具备两大性质：L和L的对称阵是半正定矩阵；L的对称阵，取值范围在[0,2]。（便于后续的切比雪夫多项式进行化简）半正定矩阵，可以对特征x进行变换，从空间域到频域，进行缩放等，再到空间域。进行信号的变换。傅里叶变换构造函数，可以学...
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2022-03-31 12:28:16
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Precision, Recall, Accuracy, F score, Sensitivity, Specificity..
首先确定4个概念,TP,FP,TN,FNTP（True Positive）：在判定为positive的样本中，判断正确的数目。 FP（False Positive）：在判定为positive的样本中，判断错误的数目。 TN（True Negative）：在判定为negative的样本中，判断正确的数目。 FN（False Negative）：在判定为negative的样本中，判断错误的数目。...
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2022-03-31 12:22:59
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AI制药公司系列之一：Insilico Medicine
AI制药公司系列之一：Insilico Medicine。通过公司的目标、产品技术、管线及药企合作等方面介绍Insilico Medicine.
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2022-02-09 11:25:40
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GCN学习中知识点及应用
GCN学习过程中遇到的问题点
作者小头像 AI Medicine
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2022-03-31 11:56:37
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NLP相关知识点学习
总结NLP学习及应用过程中遇到的一些问题
作者小头像 AI Medicine
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2022-03-31 11:20:19
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AI抗体解读之"A Review of Deep Learning Methods for Antibodies"
继CV/NLP领域的成功后，深度学习开始逐步进入生物领域，例如细胞影像分类，基因组研究等。在药物研发及蛋白工程领域，设计具备成药潜力的分子是重要的目标，AI与小分子药物结合的研究已较多，目前AI方法亦逐渐被用于生物药物的研发，例如抗体药物。本篇综述简要介绍了抗体及深度学习的背景，然后深入介绍了数种深度学习算法，该类型算法主要用于抗体结构/Affinity/互作/Target研究等。
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2022-03-26 18:32:09
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AI Medicine阅读之modeling polypharmacy side sffects with graph conv
主要概述构建多向图蛋白蛋白interaction，药物蛋白target interaction药物药物之间的作用——polypharmarcy side effects不同类型的边Decagon可以处理这样的多向图，有多重边类型使用graph convolutional neural network for multirelational linke prediction 1.1 Prese...
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2022-03-29 10:01:16
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图神经网络发展
谱域图神经网络概念：希望将卷积用在图上，为了解决空间邻域的不规则性，依据图谱论，将图的拉普拉斯矩阵进行谱分解，并利用得到的特征值和特征向量在普空间上进行卷积操作。发展历史：Spectral Graph GNN -- Cheby NET -- GCNSpectral Graph GNN:依赖每个图的拉普拉斯矩阵，无法扩展对图信号的操作步骤将空域的图信号x进行图论傅里叶变换，得到F(X) = U...
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AI知识图谱之AutoETER
一种自动学习类型的向量表示，可以兼容多种关系；推理所有关系模型，及复杂的关系的自动图谱关系嵌入方法。
作者小头像 AI Medicine
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