扩增子分析工具Qiime2安装与使用
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Qiime2 的作者是Rob Knight和Greg Caporaso， 主要用于微生物16S rRNA的基因的扩增子分析，用于物种的分类和群落结构分析。以下主要介绍Qiime2 的安装以及分析过程安装1.sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh2.编辑 .bashrc, 查看其中是否有以下内容# added by Miniconda3 installere...
2019-09-30 16:46:13
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python的PyVCF模块过滤突变，并计算杂合度
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VCF的全称是Variant Call Format， 一般是指用变异检测工具分析得到的突变的结果格式python中有一个模块可以过滤VCF - pyvcf。安装方法：pip install PyVCF==0.6.8VCF文件内容的一个示例如下：##fileformat=VCFv4.1##samtoolsVersion=0.1.19-44428cd##reference=file:///da...
2019-08-26 09:22:53
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GO富集分析示例
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GO是Gene Ontology的简称，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO分为分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）、和细胞组成（Cellular Component）三个部分。富集分析主要用于差异基因在GO term的富集程...
2019-07-09 17:46:37
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TCGA<三>--采用GDC API进行数据查询和获取
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TCGA的数据可以通过API访问， 每个数据都有对应的多个属性，比如文件id（file_id）, 病人编号（case_id以及barcode），case_id 和file_id 都是采用的UUID进行标记， barcode即submitter_id.在GDC的首页选中一些DNA甲基化数据，如下：可以看到数据包含了一个Cases， 两个Files，这里面选择的项目是TCGA-COAD，这是来自...
2019-06-11 11:13:54
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golang 解析fastq格式
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FASTQ格式是NGS测序的主流格式，有时候也有压缩后的fastq.gz格式之前的一篇博客讲到了如何安装GO和biogo这个包，主要用于处理SAM/BAM格式的数据，这一篇讲一下如何处理fastq。Fastq的每一条测序reads主要由四行构成，第一行是这条reads的ID，每一个reads都有一个唯一的ID，第二行是测序的碱基序列，第三行一般无意义，主要起到占位的作用，第四行是测序的每个碱...
2019-06-08 19:31:09
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golang解析XML文件
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在用golang解析xml文件的时候，发现有两点需要注意，一个是xml内容的总标题需要在定义struct的时候指定，另外每个标签的名字的首字母必须要大写。如下（第一个例子）：package mainimport ( "encoding/xml" "fmt" "log")type Result struct { XMLName xml.Name ...
2019-06-08 13:22:53
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NextFlow学习记录--序列比对和评估
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在分析NGS数据（fastq格式）之前，需要有参考基因组，bed文件，输入数据这里构建一个流程，分为两步：将fastq比对为sam，并转成bam（需安装bwa或bowtie，还需安装samtools）对bam的某些区域进行测序深度评估，并绘图（需安装gnuplot）首先用人类hg19的 Exons的bed文件，随机选取某些基因的Exons，作为测试bed。如果用整个bed，运算时间较长。其次...
2019-06-05 20:09:38
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TCGA肿瘤基因数据的访问<二>
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TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目完成后，最终和其它的一些肿瘤医学项目一起归档在 GDC Portal网站，方便人们访问。网址是 https://portal.gdc.cancer.gov其中除了TCGA的数据还有其它一些医学项目产生的基因测序数据，以及临床信息数据。网站首页如下：左侧可以点击Projects 根据项目类型，实验类型，基因突变类型搜索样本或数据信...
2019-06-01 15:39:46
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CNV简介和分析工具
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CNV的全称是Copy number variation ，是指在不同的人的基因组上出现的大片段的拷贝数增加或缺失，一般是5kb 以上的片段。在人类的染色体上，各个基因是线性的形式排列在染色体上， 比如说正常的一个染色体包含了A-B-C-D-E-F 这几个基因，如果D基因发生了拷贝数增加。那么该染色体的形式就是A-B-C-D-D-E-F了，这种情况在肿瘤病人的基因组中比较常见。因为肿瘤细胞的...
2019-05-27 18:59:59
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TCGA肿瘤样本基因信息库<一>
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最近开始分析TCGA这个数据库中的一些SNV信息（single nucleotide variation）.先整理出第一篇知识列表，如下：TCGA的全称和目的TCGA中的样本来源和编号TCGA中各样本的突变类型肿瘤的突变频率举例1. TCGA的全称和目的全称- The Cancer Genome Atlas， 译作癌症基因组图谱，是美国国立癌症研究所（NCI，National Cancer ...
2019-05-23 18:25:48
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