文献解读-群体测序-第二十三期|《一项前瞻性队列研究中膀胱癌的驱动和乘客DNA甲基化非侵入诊断和监测》

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湾联科技 发表于 2024/07/26 09:36:47 2024/07/26
【摘要】 该研究表征了BLCA的DNAm标识符,以便准确检测和分类尿液中的BLCA。该研究结果不仅可能对BLCA的非侵入性诊断和监测产生改变实践的影响,而且还意味着类似方法在其他癌症类型中的广泛应用。

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关键词:群体测序;基因测序;变异检测;


文献简介

  • 标题(英文):Non-invasive diagnosis and surveillance of bladder cancer with driver and passenger DNA methylation in a prospective cohort study
  • 标题(中文):一项前瞻性队列研究中膀胱癌的驱动和乘客DNA甲基化非侵入诊断和监测
  • 发表期刊:Clinical and Translational Medicine
  • 作者单位:武汉大学中南医院等
  • 发表年份:2022
  • 文章地址https://doi.org/10.1002/ctm2.1008

最先进的膀胱癌(BLCA)非侵入性诊断程序存在敏感性和特异性低,无法区分高(HG)和低级别(LG)肿瘤以及无法区分肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)和非肌肉浸润性膀胱癌(NMIBC)等缺点。该研究调查了BLCA整个DNA甲基化(DNAm)景观的全面表征,以确定BLCA非侵入性诊断的相关生物标志物。


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图1 文献简介

测序流程

从理论上讲,癌症相关的DMR可能由四种不同的情况引起:(1)来自癌症克隆祖先的遗传细胞类型特异性DNAm标记,即正常细胞(I型,T1DMR);(2)肿瘤发生过程中的从头DNAm转移(II型,T2DMR);(3)来自非癌细胞的遗传细胞类型特异性DNAm特征,该细胞不存在于正常组织(III型,T3DMR),例如免疫细胞;或(4)在非癌细胞类型(IV型,T4DMR)中伴随肿瘤发生的从头DNAm转移,例如重编程的成纤维细胞。然而,在大多数先前的工作中,这些DMR亚型在肿瘤特异性DNA事件的筛选过程中未分类。因此,在该DMR上用DNAm推断肿瘤衍生部分受到非肿瘤来源信号的“污染”的限制。检测BLCA中“驱动”,致癌(T2DMR)和“乘客”,组织起源特异性(T1DMR)DNAm事件的策略可以显着提高基于DNAm的非侵入性肿瘤检测的特异性。

在膀胱癌panel数据分析部分,研究者使用Sentieon软件Haplotyper模块和TNseq模块分别进行胚系突变和体细胞突变检测。

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图2 研究流程图

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图3 Sentieon的作用

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图4 使用差异甲基化区域对膀胱癌进行分类

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文献讨论

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图5 文献讨论

这项研究存在一些局限性。首先,切除样本的病理学评估可能受到肿瘤异质性的限制,从而导致病理评估中UCAS和BLCAS预测不一致。由于组织局限性,本研究仅对少数样本的配对尿液和组织样本进行了互补分子分类。未来的临床评估应包括对切除组织进行基于 RNA 和免疫组织化学 (IHC) 的分子分类。其次,由于病例数量稀少,尿液DNAm特征对其他病理类型膀胱肿瘤(神经内分泌癌、腺癌、肉瘤等)以及其他类型的泌尿系统癌症的预测能力没有进行分析。这种测定是否可以应用于更广泛的泌尿系统癌症值得进一步研究。第三,在复发或转移的观察期间,50%的无进展生存期(PFS)未得到满足。需要更长的随访时间,以进一步证实尿液 DNAm 特征在监测 BLCA 复发和转移方面的表现。第四,由于研究中仅包括来自健康志愿者或通过 TURBT 接受临时诊断或治疗的患者的尿液,因此研究者在最终队列中只有少数 PUMLMP 和良性膀胱疾病患者。这种限制是由于临床研究之前设定的入组标准。研究者预计未来的临床试验将包括更普遍的患者群体,包括微血尿,以测试 EUCAS 检测的一般测试性能。最后,未来应进行致癌性 T2DMR 的全面验证。


总结

综上所述,该研究表征了BLCA的DNAm标识符,以便准确检测和分类尿液中的BLCA。该研究结果不仅可能对BLCA的非侵入性诊断和监测产生改变实践的影响,而且还意味着类似方法在其他癌症类型中的广泛应用。

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