Sentieon数据质控QC模块介绍

Sentieon持续为业界提供高性能的NGS数据分析软件。在数据处理模块之外，Sentieon软件套装中还包含了多个用于BAM和VCF文件的质控模块。相比于常规的GATK/Picard工具，Sentieon的质控工具利用Sentieon引擎对于BAM文件进行高速读取，可以大幅度提升分析速度，缩短全流程的耗时。

CoverageMetrics模块

下面我们以常用的BAM深度统计工具“CoverageMetrics”为例，做个具体介绍。CoverageMetrics工具匹配了GATK的“DepthOfCoverage”工具，以BAM文件为输入，可以统计出某个位置、某个区间、某个基因或者全局的测序深度数据，同时也可以将全局数据通过平均值、中位数、四分位或者超过某个深度阈值的比例等形式进行输出展示。

比如在统计全基因组数据质量时常用的“xx%区域的覆盖深度超过15x”这样的指标，就可以由这个质控模块给出。如下图所示，与开源软件对比，”CoverageMetrics”模块的提速在10-80倍之间。

除了统计深度，我们还提供了统计其他常用质控数据的模块，包括统计双端测序insert size的“InsertSizeMetricAlgo”模块；统计GC content的”GCBias”模块；统计比对质量的”AignmentStat”模块；统计panel捕获效率的”HsMetricAlgo”模块；统计测序质量的”QualDistribution”模块；以及统计VCF质控数据的”CollectVCMetrics”模块等。 

质控模块

我们目前Sentieon软件包中的QC质控模块，以及对应的开源工具列举如下：

建议Sentieon用户对照这张表格，将目前流程中的质控模块都尽可能替换成Sentieon工具，获得最大的分析速度与计算成本的收益。

软件试用：www.insvast.com/sentieon