Sentieon安装时 jemalloc error 解决办法
【摘要】 背景 Sentieon建议使用jemalloc来改善Sentieon应用程序中的内存管理和整体性能，尤其是Sentieon bwa-mem。有时在安装运行过程中会出现报错： ERROR: ld.so: object '/usr/lib64/libjemalloc.so.2' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Failed to con...
背景
Sentieon建议使用jemalloc来改善Sentieon应用程序中的内存管理和整体性能，尤其是Sentieon bwa-mem。有时在安装运行过程中会出现报错：
ERROR: ld.so: object '/usr/lib64/libjemalloc.so.2' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Failed to contact the license server at 10.10.10.1:8990
Jemalloc 是一个内存分配器，针对多线程方案中的高内存分配性能和更少的内存碎片进行了优化。可通过以下办法，修复这个ERROR。有关 jemalloc的更多信息，请参考 https://github.com/jemalloc/jemalloc
安装步骤
Sentieon建议安装一个预构建包，用户可能需要root 访问权限才能完成安装。
RHEL/CentOS 8.x
yum install epel-release
yum install jemalloc默认情况下，安装在
/usr/lib64/libjemalloc.so.2
RHEL/CentOS 7.x
yum install epel-release
yum install jemalloc默认情况下，安装在
/usr/lib64/libjemalloc.so.1
Ubuntu 20.04
apt update
apt install libjemalloc2默认情况下，安装在
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2
Ubuntu 18.04
apt update
apt install libjemalloc1默认情况下，安装在
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1
没有预构建软件包的其他系统，请参考jemalloc GitHub页面，https://github.com/jemalloc/jemalloc以获取有关如何构建和安装 jemalloc 的更多信息。
在Sentieon流程中加载jemalloc
可以使用环境变量在运行时加载jemalloc库到Sentieon中。
例如，在CentOS 8.x 系统上，在运行Sentieon 工具之前，您可以使用以下代码设置环境变量：
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2
软件试用：https://www.insvast.com/sentieon
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