《megahit 源码迁移》项目大作业解析

《megahit 源码迁移》项目大作业解析

一、作业题目

利用扫描迁移工具进行源码分析，根据扫描建议修改源码，让源码在鲲鹏平台可以正常编译运行。

Megahit是一个超快速和内存高效的NGS汇编程序。它是针对多基因组优化的，但也适用于一般的单基因组组装和单细胞组装。Megahit源码包存在大量汇编，迁移到鲲鹏平台前需要识别并验证通过“鲲鹏代码迁移工具”迁移后的代码是否正确，以及识别出是否还有“鲲鹏代码迁移工具”遗漏的相关文件。

本实践使用“鲲鹏代码迁移工具”分析嵌入式汇编软件项目，给出合理建议，帮助用户迁移嵌入式汇编软件项目。

语言：C++/C/Python

开源协议：GPL3.0

二、操作前提

1）认真观看迁移工具的实战视频。

2）在鲲鹏社区申请远程实验室，操作系统选择OpenEuler。

https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit

3）这里选择远程服务器，具体配置和信息如下图所示。

申请之后，会收到一封邮件，里面会有详细的环境配置信息。

三、准备工作

1. 准备Megahit源码

a. 使用MobaXterm工具，以root用户登录服务器。

b. 进入“鲲鹏代码迁移工具”源码文件存放路径。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/

c. 下载Megahit源码。

git clone https://github.com/voutcn/megahit.git

d.将代码进行合并（注意，命令中init的前面是两个英文的短划线）。

cd megahit/ && git submodule update --init

e.创建构建文件夹并进入。

mkdir build && cd build

f.生成Makefile文件。

cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

g.修改megahit目录属组。

cd ../ && chown -R porting:porting *

四、操作步骤截图

1.我们先在终端执行如下命令获取gcc版本。

gcc --version

我们可以看到gcc版本是10.3.1

2. 登录鲲鹏代码迁移工具Web界面。

具体登录信息可在邮件中查看，注意需要登录VPN。

a. 选择源码迁移，进行源码分析参数填充。

点击开始分析，会进入如下界面，注意看右下角：

分析完成后，会在如下图位置看到报告：

b. 任务执行成功，查看源码报告。

我们点击，进入报告：

点击“源码迁移建议“，查看具体建议：

c. 点击报告源码迁移建议，查看需要迁移的文件。

d. 根据系统提示的修改建议进行修改。

根据系统提示进行修改，鼠标移至构建文件（megahit_core.dir/flags.make）待修改点处，可以看到两处待修改点。

根据建议提示Kunpeng platform不支持BMI2和POPCNT指令，手动修改代码，删除指令-mbmi2和-mpopcnt指令。根据系统提示进行修改，鼠标移至构建文件（megahit_core_popcnt.dir/flags.make）待修改点处，可以看到一处待修改点，修改建议，同上个文件。

记得修改完成每个文件后，单击保存。

根据系统提示的修改建议进行修改，鼠标点击内嵌汇编代码（cpu_dispatch.h）, 可以看到四处待修改点。

这里根据Quick Fix提示，自动应用完成修改即可。自动修改效果如下图所示：

可以看到自动修改已经给出了具体建议。两处修改点所给的建议准确，直接去掉注释，效果如下：

3. 迁移后重新编译。

a. 将KunpengTrans.h头文件添加到目录下到

/opt/poradv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils。

执行如下拷贝命令：

cp /opt/portadv/tools/inline_asm/config/KunpengTrans.h /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils/

b. 再次执行make命令。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/ && make

报错信息如下图所示：

c. 修改“/opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/kmlib/kmrns.h”文件。

执行vi命令进入文本，注释11行代码：

vi /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/kmlib/kmrns.h

这是因为<x86intrin.h>为平台的系统头文件，在Arm平台上没有此系统头文件。

d. 再次执行make命令，编译通过。

编译时间有点长，请耐心等待。编译成功的截图如下所示：

4. 运行和验证

a. 使用MobaXterm工具，以root用户登录服务器。

b. 进入可执行文件的安装目录。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/

c. 执行以下命令运行算例。

make simple_test

运行完成后命令行将回显以下信息：

这表示我们迁移成功了。