零、前情提要

先来说句题外话，最近华为鲲鹏DevKit训练营开始了，有兴趣的同学可以试一试！

更多详情可参考鲲鹏开发者社区。

一、目标

基于华为云弹性云服务器ECS，自行部署鲲鹏代码迁移工具，完成鲲鹏代码迁移工具实践——进行Megahit源码迁移。利用扫描迁移工具进行源码分析，根据扫描建议修改源码，让源码在鲲鹏平台可以正常编译运行。

华为云弹性云服务器ECS配置：

二、操作前提

1. 认真观看迁移工具的实战视频

可到鲲鹏开发者社区查看，还有很多详细的文档资料啊。

2. （可选）申请远程实验室

因为ECS需要购买，如果不方便购买，可以到在鲲鹏社区申请免费的远程实验室，操作系统选择OpenEuler。

不得不说，远程实验室的配置还是很强大的啊。

申请之后，会收到一封邮件，邮件提供了账号等信息，注意要按照邮件指导，在 VPN 端登录，之后才能使用远程实验室。

注意，请卸载除官方提供的VPN软件外的其他VPN软件，否则可能即使VPN登录成功，也无法访问，切记！！！这是血泪教训。

下面操作对ECS和远程实验室的操作都做了介绍，无论选择哪种方式，都可以的！

三、准备工作

如果你使用的是远程实验室，按照官方介绍，是打开工具的web网页 ，并进行登录。该web界面的IP地址，账号以及密码等信息在邮件中有详细说明哦。注意如果提示风险，要选择继续哦。

登录后的界面为：

好了，就是先看看哈，验证下可以正常访问远程实验室，后面会用到，这里我们先来做准备工作，用MobaXterm登录刚购买的ECS啊。

下面准备Megahit源码。这里简单介绍下哈，Megahit是一个超快速和内存高效的NGS汇编程序。它是针对多基因组优化的，但也适用于一般的单基因组组装和单细胞组装。需要注意的是Megahit源码包存在大量汇编，后面我们会注意到迁移到鲲鹏平台前需要识别并验证通过“鲲鹏代码迁移工具”迁移后的代码是否正确，以及识别出是否还有“鲲鹏代码迁移工具”遗漏的相关文件。

1. 使用MobaXterm工具，以root用户登录服务器。

就是ssh登录，常规操作了，如果看到类似如下界面，说明登录成功：

2. 进入“鲲鹏代码迁移工具”源码文件存放路径。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/

3. 下载Megahit源码。

git clone https://github.com/voutcn/megahit.git

4. 将代码进行合并。

注意如下代码不对，正确代码请见这小项最后。

cd megahit/ && git submodule update -init

这里注意不要直接复制教程中所给的代码，因为教程中的-init中的-符号有问题，会报错如下：

或者

其实-init中的-符号应该是英文下的才对，也可以看到修改后-init变为了蓝色，MobaXterm就是强。

但看提示好像还是不太对啊，仔细看会发现打印信息给了提示，应该是--init。

cd megahit/ && git submodule update --init

应该是正确运行了，结果如图，没什么打印信息：

5. 创建构建文件夹并进入。

mkdir build && cd build

6. 生成Makefile文件。

cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

注意，这里运行可能报错，如下：

这可能是没有设置cmake路径或者没安装camke，我们使用如下命令，来看看：

cmake --version

那来安装一下吧，不管有没有了，马上行动起来。这里我安装的是cmake 3.15，不是最新版哈，下面来介绍下安装，来嘞。

获取源码，并解压

wget https://down.24kplus.com/linux/cmake-3.15.3.tar.gz
tar -zxf cmake-3.15.3.tar.gz
cd cmake-3.15.3

编译安装

./bootstrap --prefix=/usr --datadir=share/cmake --docdir=doc/cmake

运行中的截图（这个过程有点长，大家可以先休息一下哈）：

运行完成截图：

接下来执行命令：

make

运行完成截图:

那么接下来执行命令：

sudo make install

下面检查是否正确安装，执行如下命令：

cmake --version

如果看到如下界面，表示成功了：

好了，接下来可以执行之前的命令了：

cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

得到运行结果：

7. 修改megahit目录属组。

cd ../ 
chown -R porting:porting *

四、源码迁移

下面是重头戏了哈，使用鲲鹏代码迁移工具进行代码迁移，就是用我们之前打开的Web界面，赶紧来试试吧。

注意，Web界面长时间不操作会自动退
出登录，需要重新登录

注意，论坛发帖，编辑帖子时间一长，也会显示保存问题，大家记得及时保存，最好，写一些就发布，之后再编辑，再发布，以免丢了内容（虽然有草稿箱），这都是血泪教学啊，切记！！！

1. 源码分析参数填充

上述参数说明：

源码文件存放路径：

选择源码包megahit/build，就是之前我们可下载了megahit,这个很有意思，点击一下源码文件存放路径的方框，就会弹出一个下滑栏，选择我们的路径即可：

目标操作系统：

openEuler 20.03

这点没问题，这个在申请远程实验室的时候，我们就说了要选这个系统。

编译器版本：

GCC 7,3

这里要说明下，作业帖给的是BiSheng Compiler 2.1.0，应该是毕昇编译器，但没这个选项，那我们就看看具体版本吧，在MobaXterm执行命令：

python

可以看到：

嗯，是GCC 7,3无疑了。

注意执行如下命令亦可：

python3

好了，全选好了，就执行开始分析吧！

这是运行中界面：

这是运行完成的界面：

2. 任务执行成功，查看源码报告。

点击上图中右上角的报告即可查看，可跳转到如图界面：

3. 点击报告源码迁移建议，查看需要迁移的文件。

注意，我这里提示让跳转到最新报告查看，跳转即可，因为之前我运行了一次，如果你是第一次运行，不会有此问题哈。

我们应该依次单击上襦左侧文件列表，查看需要迁移的文件。

根据系统提示的修改建议进行修改，鼠标点击内嵌汇编代码（cpu_dispatch.h）, 可以看到四处待修改点。如图所示的红色波浪线展示的部分。

注意，我们将光标悬停在待修改代码出，就会弹出修改建议了

当然，我们能根据给出的建议手动修改，但是还有更便捷的自动修改哦，更快，不过注意自动修改后检查一下。自动修改很简单，在之前光标悬停的基础上，选择Quick Fix，如图所示：

之后在如下图所示的两个选项中任选一个即可。

来看看效果：

这是第一处的修改后：

这是第二处的修改后：

这是第三处的修改后：

我们仔细看看这些长段的绿色注释部分，可以看到自动修改已经给出了具体建议。两处修改点所给的建议应该还是准确，直接去掉注释，效果如下：

最后，千万别忘了点击 保存。要知道，人生悲哀莫过于编辑的文件没有保存啊。

你以为这就结束了？当然没有，接着来吧！

根据系统提示进行修改，鼠标移至构建文件（megahit_core.dir/flags.make）待修改点处，可以看到两处待修改点。

这建议很中肯啊，应该是提示Kunpeng platform不支持BMI2和POPCNT指令，手动修改代码，删除指令-mbmi2和-mpopcnt指令。

这还没完，别忘了，还有一处呢！

鼠标移至构建文件（megahit_core_popcnt.dir/flags.make）待修改点处，可以看到一处待修改点。

根据建议提示Kunpeng platform不支持POPCNT指令，手动修改代码，删除指令-mpopcnt指令。删除后，红波浪线马上就消失了哈。

还是那句话，千万别忘了点击 保存。

五、迁移后重新编译

这里就又回到MobaXterm了。

1. 添加KunpengTrans.h头文件

将KunpengTrans.h头文件添加到目录/opt/poradv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils。执行如下拷贝命令：

cp /opt/portadv/tools/inline_asm/config/KunpengTrans.h /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils/

2. 再次执行make命令。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/
make

在ECS上需要执行命令：

cd /home/tjulitianyi/megahit/build
make

见证奇迹的时候到了！

尴尬，报错了，赶紧看看！

显示没有该文件，但这个文件<x86intrin.h>是x86相关的，应该是x86平台的系统头文件，而我们用的是鲲鹏处理器，基于ARM的，本来就没有这个文件哈。下面，执行vi命令进入文本，注释11行代码：

vi /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/kmlib/kmrns.h
// #include <x86intrin.h>改为//#include <x86intrin.h>

对了，在英文模式下，单击键盘上的字母I就能编辑了。

退出保存，需要先点击键盘左上角的Esc键，之后执行：

:wq!

再次执行make命令，编译通过。

注意，编译是比较耗费时间的，大家可以先休息一下，眺望远方，放松下眼睛。编译运行中界面：

top命令查看CPU运行情况：

经过大约2分钟的等待，编译完成了，期间运行内存在3.5GB上下浮动。完成界面如下图所示：

六、运行和验证

记住啊，目前我们是使用MobaXterm工具，以root用户登录远程实验室的服务器。

1. 下面，进入可执行文件的安装目录。其实，就是当前目录，因为我们之前就是在这个目录编译的，这里是为了再确认一下。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/

2. 执行以下命令运行：

make simple_test

注意：make simple_test里用到的.fa文件是github上下载软件包的时候就自带了，无需额外下载。

运行截图：

最终运行结果展示：

搞定了，完结，撒花！！！

结语

如果是体验过程中，有哪些要反馈或吐槽的？

1.VPN连接

如果你使用的是鲲鹏社区的免费远程实验室，那么这个VPN算一个，我正在调试程序，居然自己断开了，报错如图所示：

退出VPN再登录也不好用，有点不稳点吧。而且太耽误进度了，我可就差重新编译验证了。好吧，其实我坦白，重新make时报错了，我正准备定位问题，修改呢。正在兴头上，突然就断了？？？

不过我可能错怪它了，上图报错可能是我本地网络较差，经过重启电脑，等待之后就又能连接上了。

2. 鲲鹏迁移工具的Web界面显示文件名称不全

第二个就是鲲鹏迁移工具的Web界面了，在源码迁移建议那里无法查看完整文件名称，鼠标悬停也不行，也无法调整显示宽度，有点不友好啊。

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