基因数据分析软件迁移-Kobas3

前提条件，安装好R语言环境

1. SQLite安装
   yum install -y sqlite sqlite-devel
2. PySQLite安装
   2.1 安装系统依赖
   yum install -y python-devel
   2.2 安装软件
   pip install pysqlite -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
3. BioPython安装
   3.1 安装依赖
   pip install egenix-mx-base -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
   3.2 下载软件包
   wget http://biopython.org/DIST/biopython-1.44.tar.gz
   3.3 解压软件包
   tar zxf biopython-1.44.tar.gz
   3.4 进入解压目录
   cd biopython-1.44/
   3.5 安装(遇到问答回复y)
   python setup.py install
4. BLAST安装
   参考：https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpengblast_02_0002.html
5. QVALUE安装（R控制台执行）
   install.packages("BiocManager")
library("BiocManager")
BiocManager::install("qvalue")
6. RPy2安装
   pip install rpy2==2.7.0 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
7. Numpy安装
   pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
8. Pandas安装
   pip install pandas==0.20 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
9. Biobase安装
   9.1 系统依赖安装
   yum install –y openssl-devel libpng-devel libxml2-devel
   9.2 R控制台安装软件
   BiocManager::install("Biobase")
10. Rgraphviz安装
    10.1 下载软件包
    wget https://bioconductor.org/packages/3.14/bioc/src/contrib/Rgraphviz_2.38.0.tar.gz
    10.2 解压软件包
    tar -xf Rgraphviz_2.38.0.tar.gz
    10.3 进入解压目录
    cd Rgraphviz/
    修改configure内容如下：
    
    10.4 执行安装
    R CMD INSTALL .
11. GSEABase安装
    BiocManager::install("GSEABase")
12. pathview安装
    BiocManager::install("pathview")
13. ComplexHeatmap安装
    BiocManager::install("ComplexHeatmap")
14. DESeq2安装
    BiocManager::install("DESeq2")
15. EDASeq安装
    15.1 安装系统依赖
    yum install -y libjpeg-devel
    15.2 软件安装
    BiocManager::install("EDASeq")
16. GO.db安装
    BiocManager::install("GO.db")
17. ReportingTools安装
    BiocManager::install("ReportingTools")
18. SPIA安装
    BiocManager::install("SPIA")
19. biocGraph安装
    BiocManager::install("biocGraph")
20. safe安装
    BiocManager::install("safe")
21. topGO安装
    BiocManager::install("topGO")
22. kobas3软件包下载
    wget http://kobas.cbi.pku.edu.cn/tcm/download/?file_path=/gpfs/www/kobas3/site/kobas-2.1.1/kobas-3.0.3.tar.gz -O kobas-3.0.3.tar.gz
    22.1 解压软件包
    tar -xf kobas-3.0.3.tar.gz
    22.2. 进入软件包
    cd kobas-3.0.3
    22.3 安装EnrichmentBrowser
    R CMD INSTALL EnrichmentBrowser_2.4.5_CA_edit.tar.gz
23. GSVA安装
    BiocManager::install("GSVA")
24. gage安装
    BiocManager::install("gage")
25. 配置
    export PYTHONPATH=/path/to/kobas-3.0.3
cp kobasrc ~/.kobasrc，并将软件安装路径设置到~/.kobasrc中
    `