基因数据分析软件迁移-cellranger

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phluo 发表于 2021/11/27 16:06:15 2021/11/27
【摘要】 项目说明服务器TaiShan 200服务器(型号2280)CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网操作系统CentOS 7.6背景:cellranger因源码只开源到3.0.2版本,且3.0.2版本在跑cellranger count基因分析结果出图表报告使用到tsne算法,cellranger官网提供的cellranger二...
项目 说明
服务器 TaiShan 200服务器(型号2280)
CPU 鲲鹏920 5250处理器
内存 无要求
存储 无要求
磁盘分区 /top空间建议保留100G+
网络 能访问互联网
操作系统 CentOS 7.6

背景:
cellranger因源码只开源到3.0.2版本,且3.0.2版本在跑cellranger count基因分析结果出图表报告使用到tsne算法,cellranger官网提供的cellranger二进制包,发现tsne算法实现较开源tsne算法有做扩展,主要体现在bh_sne函数上。但是这部分扩展3.0.2版本并未给出实现,因此,本次cellranger采用华为自研华为动态二进制翻译工具(ExaGear)部署.

  1. 操作系统需要修改PAGESIZE大小为4K,否则会出现如下错误
    image.png
  2. 查看当前操作系统pagesize大小
    getconf PAGESIZE
  3. 下载kernel源码包(http://vault.centos.org/7.6.1810/os/Source/SPackages/ )
    wget https://vault.centos.org/7.6.1810/os/Source/SPackages/kernel-alt-4.14.0-115.el7a.0.1.src.rpm
  4. 详情可参考(https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/,鲲鹏小智查找"修改pagesize")
    image.png
  5. 安装exagear(安装4k版本,https://support.huaweicloud.com/ug-exagear-kunpengdevps/kunpengexagear_06_0003.html)
  6. 下载exagear安装包
    wget https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/ExaGear/ExaGear_1.2.1.1.tar.gz
  7. 解压软件包
    tar -xf ExaGear_1.2.1.1.tar.gz
  8. 进入exagear for centos安装包目录
    cd ExaGear_1.2.1.1/ExaGear_Server_for_Centos7/release
  9. 安装4k包
    sudo rpm -ivh exagear-utils-1773-1.noarch.rpm exagear-core-x64a64-1773-1.aarch64.rpm exagear-core-x32a64-1773-1.aarch64.rpm exagear-guest-for-centos-7-x86_64-1773-1.noarch.rpm exagear-integration-1773-1.noarch.rpm
  10. 进入exagear环境确认pagesize为4k版本
    exagear
    getconf PAGESIZE
  11. 因测试数据在host侧,因此本次采用共享目录的方式,将测试数据和cellranger二进制包共享到guest侧,(以数据文件在本地目录为例/opt/cellranger)
  12. 将/opt/cellranger目录添加到共享列表(/opt/exagear/images/centos-7-x86_64/.exagear/vpaths-list)中,注意目录要以"/"结尾
  13. 在guest环境中创建同名目录(/opt/cellranger),有其他数据需要共享,也同样配置。
  14. 运行cellranger count
    exagear -- /opt/cellranger/cellranger cout --id=tiny ...
    至此,cellranger安装完毕
    PS:共享目录还有另外一种方式
    image.png
    此种方式,需要保证guest侧目录绝对路径与host侧绝对路径相同,否则cellranger结果目录会生成在guest的根目录下
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