基因数据分析软件迁移-monocle
【摘要】 项目说明服务器TaiShan 200服务器（型号2280）CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网操作系统Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel)安装monocle（推荐使用新包monocle3）devtools::install_github("cole-trapnell-lab/mo...
| 项目 | 说明 |
|---|---|
| 服务器 | TaiShan 200服务器（型号2280） |
| CPU | 鲲鹏920 5250处理器 |
| 内存 | 无要求 |
| 存储 | 无要求 |
| 磁盘分区 | /top空间建议保留100G+ |
| 网络 | 能访问互联网 |
| 操作系统 | Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel) |
- 安装monocle（推荐使用新包monocle3）
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle-release@develop")
- 如果出现如上报错，查看BiocGenerics版本
packageVersion("BiocGenerics")
- 需要将BiocGenerics降为0.38.0,下载源码包(注意版本)
wget https://codeload.github.com/Bioconductor/BiocGenerics/zip/refs/heads/RELEASE_3_13 -o BiocGenerics-RELEASE_3_13.zip
- 解压软件包
unzip BiocGenerics-RELEASE_3_13.zip - 进入解压目录
cd BiocGenerics-RELEASE_3_13 - 执行安装，并查看版本
R CMD INSTALL .
- 执行步骤1
- stringr版本更新：str_join已经更名为str_c
- 步骤1安装失败，会在/tmp目录缓存下载回来的包(例如：/tmp/RtmpTVFExb/file707d838db7850/monocle_2.3.6.tar.gz)
- 进入目录/tmp/RtmpTVFExb/file707d838db7850/
- 解压monocle_2.3.6.tar.gz
tar –xf monocle_2.3.6.tar.gz - 进入解压目录
cd monocle_2.3.6 - 修改R/plotting.R内容如下
608行：str_join修改为str_c
641行
- 执行安装
R CMD INSTALL . - 注：在rstudio中使用需要以递归方式给R语言安装目录目录再次为rsession会话用户赋访问权限
- 验证
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