基因数据分析软件迁移-monocle3
【摘要】 项目说明服务器TaiShan 200服务器（型号2280）CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网操作系统Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel)安装devtoolsinstall.packages("devtools")按提示安装libgit2-develyum install -y ...
| 项目 | 说明 |
|---|---|
| 服务器 | TaiShan 200服务器（型号2280） |
| CPU | 鲲鹏920 5250处理器 |
| 内存 | 无要求 |
| 存储 | 无要求 |
| 磁盘分区 | /top空间建议保留100G+ |
| 网络 | 能访问互联网 |
| 操作系统 | Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel) |
- 安装devtools
install.packages("devtools")
- 按提示安装libgit2-devel
yum install -y libgit2-devel - 再次执行步骤1，devtools安装成功
- 执行monocle3安装
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3', ref="develop")
- 出现如上报错：安装gdal-config，下载软件包
wget https://github.com/OSGeo/gdal/archive/refs/tags/v3.3.3.tar.gz -o gdal-3.3.3.tar.gz - 解压软件包
tar –xf gdal-3.3.3.tar.gz - 进入解压目录
cd gdal-3.3.3/gdal/ - 执行编译
./autogen.sh
./configure --with-python=/usr/bin/python3
- 提示需要安装PROJ，下载软件包
wget https://github.com/OSGeo/PROJ/archive/refs/tags/8.1.1.tar.gz -o PROJ-8.1.1.tar.gz - 解压软件包
tar –xf PROJ-8.1.1.tar.gz - 进入解压目录
cd PROJ-8.1.1 - 执行编译安装
./autogen.sh
./configure && make && make install
13.切换到步骤7 gdal 目录
./configure --with-python=/usr/bin/python3
make –j 96
- 需要安装numpy，推荐优先安装pip，下载软件包
wget https://files.pythonhosted.org/packages/ce/ea/9b445176a65ae4ba22dce1d93e4b5fe182f953df71a145f557cffaffc1bf/pip-19.3.1.tar.gz - 解压软件包
tar –xf pip-19.3.1.tar.gz - 进入解压目录
cd pip-19.3.1 - 执行安装
python3 setup.py install - 安装numpy
pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple - 切换到gdal 目录,执行编译安装
make –j 16 && make install - 验证gdal-config 安装成功
21.再次执行步骤4
- 遇到以上报错,安装如下依赖
yum install -y geos-devel udunits2-devel freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel - 执行步骤4
- 安装依赖R包
BiocManager::install(c("batchelor","BiocParallel","DelayedMatrixStats")) - 执行步骤4
- 验证
library("monocle3")
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