基因数据分析软件迁移-inferCNV

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phluo 发表于 2021/11/11 16:46:24 2021/11/11
【摘要】 项目说明服务器TaiShan 200服务器(型号2280)CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网操作系统Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel)包安装需要使用BiocManager,优先安装BiocManagerInstall.package(“BiocManager”)导入BiocM...
项目 说明
服务器 TaiShan 200服务器(型号2280)
CPU 鲲鹏920 5250处理器
内存 无要求
存储 无要求
磁盘分区 /top空间建议保留100G+
网络 能访问互联网
操作系统 Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel)
  1. 包安装需要使用BiocManager,优先安装BiocManager
    Install.package(“BiocManager”)
  2. 导入BiocManager包
    library(BiocManager)
  3. 安装inferCNV
    BiocManager::install("inferCNV")
  4. 安装出现如下错误
    image.png
  5. 下载包到服务器本地,命令行安装
    wget https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/infercnv_1.10.0.tar.gz
  6. 命令行执行安装
    R CMD INSTALL infercnv_1.10.0.tar.gz
    image.png
  7. 在rstudio console会话中使用install.packages(“包名”)安装以上依赖,若果遇到install.packages无法安装,则使用BiocManager::install(“包名”)安装
  8. 依赖中rjags 依赖JAGS, 步骤7方式安装会报错
    image.png
  9. 需要安装JAGS后再返回安装rjags,下载JAGS到服务器本地
    wget https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/4.x/Source/JAGS-4.3.0.tar.gz
  10. 解压软件包
    tar -xf JAGS-4.3.0.tar.gz
  11. 进入解压目录
    cd JAGS-4.3.0/
  12. 执行编译
    ./configure --enable-shared
    image.png
  13. 提示需要安装lapack
    yum install -y lapack lapack-devel
  14. 再次执行步骤12
    image.png
  15. 编译安装
    make && make install
  16. 再次执行rjags安装
    Install.packages(“rjags”)
    image.png
  17. 因为rsession是普通用户启动,权限不足,切换到linux(root用户) R命令行终端安装
  18. 安装完成后,回到rstudio 会话导入包
    library("rjags")
    image.png
  19. 可以看到无法访问安装好的JAGS库,需要为rsession 登入用户(test)添加JAGS的访问权限
  20. 赋权后导入成功
    image.png
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