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基因数据分析软件迁移-rstudio-server

phluo 发表于 2021/11/11 15:37:28 2021/11/11

【摘要】项目说明服务器TaiShan 200服务器（型号2280）CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网(可以访问谷歌)操作系统Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel)安装rstudio需要优先准备R语言环境，R语言环境准备请参考，推荐安装4.1+版本：https://ic-openlabs....

项目	说明
服务器	TaiShan 200服务器（型号2280）
CPU	鲲鹏920 5250处理器
内存	无要求
存储	无要求
磁盘分区	/top空间建议保留100G+
网络	能访问互联网(可以访问谷歌)
操作系统	Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel)

安装rstudio需要优先准备R语言环境，R语言环境准备请参考，推荐安装4.1+版本：
https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/
下载rstudio源码包到本地
wget -c https://github.com/rstudio/rstudio/archive/refs/tags/v1.4.1717.zip -O rstudio.zip
解压源码包
unzip rstudio.zip
进入解压目录
cd rstudio-1.4.1717
进入依赖安装目录
cd dependencies/linux
注释install-dependencies-yum行47、48行内容(yum源暂不包含，需要手工安装)
修改rstudio-1.4.1717/dependencies/common/install-npm-dependencies为如下(默认下载的npm包为x86包)
安装ant
参考：https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/
如果是root用户，必须执行这条命令去除脚本中的sudo
sed -i 's/^sudo//' ./install-dependencies-yum
执行命令安装依赖
./install-dependencies-yum
退出到rstudio-1.4.1717，创建并进入构建目录
mkdir build
cd build
执行编译(推荐指定安装目录)
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/yourpath/rstudio-1.4.1717 -DRSTUDIO_TARGET=Server -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make -j 96
make install
执行启动前配置
运行rstudio需要rstudio-server(默认)用户，因此需要创建用户
useradd rstudio-server
拷贝认证文件
cp /yourpath/rstudio-1.4.1717/extras/pam/rstudio /etc/pam.d/
给认证文件赋权
chmod 744 /etc/pam.d/rstudio
拷贝启动文件
cp /yourpath/rstudio-1.4.1717/extras/systemd/rstudio-server.service /usr/lib/systemd/system/
systemctl daemon-reload
运行rsession打开会话需要普通用户，创建一个会话运行用户
useradd test
给会话运行用户设置密码
echo 123456 | passwd --stdin test
关闭防火墙
systemctl stop firewalld
！！！需要给rstudio的安装目录,R的安装目录及子目录赋读写执行权限(用户rstudio-server,test)！！！
启动rstudio
systemctl start rstudio-server.service
检查8787端口是否监听
netstat -antupl | grep 8787
访问(http://ip:8787,登入用户：test，密码：123456)
备注：
编译安装对网络要求较高，网络条件有限情况下，可以按需购买一台香港的云服务器，执行依赖安装后(步骤11)依赖会下载到/opt/rstudio-tools目录下，将此目录打包保存，后续编译将包解压到目的服务器上，解压到/opt/目录，则可无需依赖访问谷歌等网络需求