基因数据分析软件迁移-samtools
【摘要】 项目说明服务器TaiShan 200服务器（型号2280）CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网下载源码到本地服务器wget https://github.com/samtools/samtools/archive/refs/tags/1.14.tar.gz -o samtools-1.14.tar.gz解压软件包tar –...
| 项目 | 说明 |
|---|---|
| 服务器 | TaiShan 200服务器（型号2280） |
| CPU | 鲲鹏920 5250处理器 |
| 内存 | 无要求 |
| 存储 | 无要求 |
| 磁盘分区 | /top空间建议保留100G+ |
| 网络 | 能访问互联网 |
| 操作系统 | Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel) |
- 下载源码到本地服务器
wget https://github.com/samtools/samtools/archive/refs/tags/1.14.tar.gz -o samtools-1.14.tar.gz - 解压软件包
tar –xf samtools-1.14.tar.gz - 进入解压目录
cd samtools-1.14
samtools依赖htslib，需要将htslib下载到本地 - 下载htslib源码包
wget https://github.com/samtools/htslib/archive/refs/tags/1.14.tar.gz -o htslib-1.14.tar.gz - 解压软件包
tar htslib-1.14.tar.gz
此工程同样依赖外部工程
- 将依赖下载到htslib源码包目录中
wget https://github.com/samtools/htscodecs/archive/refs/tags/v1.1.1.tar.gz -o hdscodes-1.1.1.tar.gz - 解压hdscodes依赖，并将解压目录重命名为hdscodes
tar –xf hdscodes-1.1.1.tar.gz
mv hdscodes-1.1.1 hdscodes - 在htdcodes工程目录下添加如下文件
- 执行编译（切换到samtools源码目录）
Autoheader
autoconf -Wno-syntax
./configure --with-htslib=./htslib-1.14
make && make install
最后将生成的samtools可执行文件拷贝到PATH路径即可 - 注意事项：
10-1. 如果有条件可以使用如下命令克隆htslib工程
git clone https://github.com/samtools/htslib.git --recursive
此方式无需手动添加version.h,步骤8可跳过
10-2. 如果出现如下错误，则表示htdscodes/htdscodes/version.h缺失,需要执行步骤8
【版权声明】本文为华为云社区用户原创内容，转载时必须标注文章的来源（华为云社区）、文章链接、文章作者等基本信息， 否则作者和本社区有权追究责任。如果您发现本社区中有涉嫌抄袭的内容，欢迎发送邮件进行举报，并提供相关证据，一经查实，本社区将立刻删除涉嫌侵权内容，举报邮箱：
cloudbbs@huaweicloud.com
- 点赞
- 收藏
- 关注作者
评论（0）