基因数据分析软件迁移-bwa
【摘要】 项目说明服务器TaiShan 200服务器（型号2280）CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网下载源码到本地服务器wget https://github.com/lh3/bwa/archive/refs/tags/v0.7.17.tar.gz -o bwa-0.7.17.tar.gz解压软件包tar –xf bwa-0.7...
| 项目 | 说明 |
|---|---|
| 服务器 | TaiShan 200服务器（型号2280） |
| CPU | 鲲鹏920 5250处理器 |
| 内存 | 无要求 |
| 存储 | 无要求 |
| 磁盘分区 | /top空间建议保留100G+ |
| 网络 | 能访问互联网 |
| 操作系统 | Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel) |
- 下载源码到本地服务器
wget https://github.com/lh3/bwa/archive/refs/tags/v0.7.17.tar.gz -o bwa-0.7.17.tar.gz - 解压软件包
tar –xf bwa-0.7.17.tar.gz - 进入解压目录
cd bwa-0.7.17 - 执行编译
make
此报错表示工程依赖SSE（x86）指令，针对此情况，鲲鹏推出AvxToNeon工程做出部分实现 - 克隆工程到本地
git clone https://github.com/kunpengcompute/AvxToNeon.git
- 拷贝所有.h后缀文件到/usr/include目录下
cp *.h /usr/include/. - 再次进行编译
make
生成结果如上 - 将可执行文件拷贝到/usr/local/bin
cp bwa /usr/local/bin - 验证结果
- 注意事项
由于AvxToNeon工程Tag处资源更新时间久远，且工程为定向开源，所以可能出现部分指令没有实现，会出现类似如下报错：
因此优先从工程目录下查找
将查找到的实现复制添加到/usr/include/emmintrin.h即可
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