鲲鹏云服务器移植mieDeep2

简要介绍

mirDeep2是用于在深度测序数据中鉴定未知和已知miRNA的软件包。此外，它可用于跨样品的miRNA表达谱分析。

建议的版本

根据实际需要选择版本，本文档以“mideep2-0.1.2”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

配置编译环境

1. 安装相关依赖。

   yum install -y gcc gcc-c++ make cmake perl-ExtUtils-CBuilder perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Digest-MD5 perl-autodie perl-CPAN perl-CPAN-Meta-Requirements

2. 安装相关perl包。

   perl -MCPAN -e shell

   进入命令终端，输入如下命令进行安装perl包。

   install Compress::Zlib

   安装过程中所有的询问全部输入回车。

获取源码

获取“mideep2-0.1.2”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.2.tar.gz

编译和安装

1. 解压并进入源码包。

   tar -zxvf v0.1.2.tar.gz && cd mirdeep2-0.1.2

2. 修改安装脚本。修改地391行，在“./configure”后面加上“--buid=arm”。

   vim install.p

   修改前

   './configure --prefix=$dir/essentials/ViennaRNA-1.8.4/install_dir';

   修改后

   './configure --build=arm --prefix=$dir/essentials/ViennaRNA-1.8.4/install_dir';

3. 执行安装脚本。

   perl  install.pl

   如果是首次安装，该命令需要连续执行两次。

4. 重新加载环境变量。

   source ~/.bashrc

5. 重新安装bowtie，因为直接使用脚本安装无法成功安装bowtie，需要下载bowtie-1.2.3源码，更改Makefile文件重新编译。具体方法参考https://bbs.huaweicloud.com/blogs/174801

6. 移除mideep2安装的bowtie相关文件

   rm -rf /usr/local/src/mirdeep2-0.1.2/bin/bowtie*

运行和验证。

执行测试脚本。

cd tutorial_dir/

bash run_tut.sh

执行完毕后会出现类似如下回显。

...

fasta and bed files have been created in subfolder mirna_results_11_06_2020_t_14_44_20

miRDeep runtime:

startrd: 14:44:20
ended: 14:45:05
total: 0h:0m:45s

...