鲲鹏云服务器移植bowtie

Bowtie是一个快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列对比至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。

建议的版本

建议使用版本为“bowtie 1.2.3”。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install gcc gcc-c++ zlib-devel -y

获取源码

获取“bowtie 1.2.3”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip

编译和安装

1. 解压并进入源码目录。

   unzip v1.2.3.zip

   cd bowtie-1.2.3

2. 修改Makefile文件。

   vim Makefile

   修改后(加粗为新增加内容，其余的内容不变)。

   BITS=32
   ifeq (x86_64,$(shell uname -m))
   BITS=64
   endif
   ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
    BITS=64
   endif
   # msys will always be 32 bit so look at the cpu arch instead.
   ifneq (,$(findstring AMD64,$(PROCESSOR_ARCHITEW6432)))
   ifeq (1,$(MINGW))
   BITS=64
   endif
   endif
   
   ifeq (1,$(LINUX))
   ifeq (x86_64, $(shell uname -p))
   BITS=64
   endif
   endif
   
   ifeq (32,$(BITS))
   $(error bowtie2 compilation requires a 64-bit platform )
   endif
   
   #DEBUG_FLAGS = -O0 -g3 -m64
   #RELEASE_FLAGS = -O3 -m64
   #NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG
   #FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE
   M64_FLAG := -m64
   ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
    M64_FLAG :=
   endif

3. 添加环境变量。

   export NO_TBB=1

   export POPCNT_CAPABILITY=0

4. 编译Bowtie。

   make -j4

5. 添加环境变量。

   vim /etc/profile

   将如下内容写入文件最后一行。

   export PATH=/usr/local/src/bowtie-1.2.3:$PATH

   保存并退出，然后执行如下命令是环境变量生效。

   source /etc/profile

运行和验证

查看Bowtie版本信息。

bowtie --version

回显类似如下信息表示Bowtie安装成功。

/usr/local/src/bowtie-1.2.3/bowtie-align-s version 1.2.364-bit...