bx-python 安装和使用

安装使用pip

pip install bx-python

bx-python中有很多模块， 这里使用bx.seq, bx.arrays, bx.bbi三个模块 作为示例

a = open('test_A.fasta', 'r')
for seq in fasta.FastaReader(a):
    print seq.name
    print seq.get(0, seq.length)
    
a.close()

FastaWriter 用法

a = open('test_A.fasta', 'r')
b = open('test_B.fasta', 'w')
fw = fasta.FastaWriter(b, columns=6)
for seq in fasta.FastaReader(a):
    seq.name = seq.name
    seq.text = seq.get(0,10)
    fw.write(seq)

b.close()
a.close()

读取bed文件

from bx.arrays import bed
bedf = open('Documents/python/Sam_filter/testF.bed', 'r')
for i in bed.BedReader(bedf):
    print(i)
    
bedf.close()

读取wiggle 文件

from bx.arrays import wiggle
wigf = open('test.wig', 'r')
for i in wiggle.WiggleReader(wigf):
    print i

wigf.close()

读取bigWig文件

from bx.bbi import bigwig_file
bwFile = open('test.bw', 'rb')
test = bigwig_file.BigWigFile(bwFile)
test.get('chr1', 20800 ,20810)

这个例子是指 提取出bigWig中 在chr1染色体的20800-20810之间的数值，包括20800和20810，共11个碱基。