RDKit | 使用 RDKit 通过氨基酸对肽进行着色

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools,rdCoordGen
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
     
    
   

    

     

    
    

     

      from IPython.display import SVG
     
    
   

    

     

    
    

     

      from io import BytesIO
     
    
   

    

     

    
    

     

      from PIL import Image
     
    
   

    

     

    
    

     

      from matplotlib.colors import ColorConverter
     
    
   

    

     

    
    

     

      import matplotlib
     
    
   

    

     

    
    

     

      import random
     
    
  
 

生成指定数量颜色的函数

  

   

    

     

    
    

     

      def choose_colors(num_colors):
     
    
   

    

     

    
    

     
    # matplotlib.colors.CSS4_COLORS
     
    
   

    

     

    
    

     

          tmp = list(matplotlib.colors.CSS4_COLORS.values())
     
    
   

    

     

    
    

     

          random.shuffle(tmp)
     
    
   

    

     

    
    

     

          label2color = tmp[:num_colors]
     
    
   

    

     

    
    

     
    return label2color
     
    
  
 

暂时生成20种颜色

colorList = [ColorConverter.to_rgb(color) for color in choose_colors(20)]
 

将肽段转换为 Mol 对象

  

   

    

     

    
    

     

      mol = Chem.MolFromHELM("PEPTIDE1{C.Y.I.Q.N.C.P.L.G}$$$$")
     
    
   

    

     

    
    

     

      rdCoordGen.AddCoords(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/126479057