脑结构分析工具FreeSurfer安装及常见问题

     FreeSurfer 是一款基于Linux的脑影像开源分析软件，可用于分析和可视化大脑结构和功能神经影像数据。特别在MRI高分辨结构像分析中，FreeSurfer功能强大，应用最广泛。但由于FreeSurfer需在Linux环境运行，安装比较复杂，本文将基于Ubuntu18.04详细讲解FreeSurfer安装过程。

    一、FreeSurfer安装包下载

           官网下载安装包：Ubuntu18.04可以下载centos7版本

      二、证书license登记

            FreeSurfer虽然是免费开源软件，但还是需要license的，在官网登记即可，登记完成后官方会将license发给邮箱

         三、安装包解压安装

           将压缩包放置你需要安装的目录比如/usr/local/freesurfer

            执行命令：tar -zxvpf freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.1.1.tar.gz

            同时将证书放置在freesurfer下，注意目录结构，这里是/usr/local/freesurfer/freesurfer

            四、配置环境      

            sudo vi /etc/profile

            在最下方添加

            export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/freesurfer

            保存并推出

            sudo vi /etc/bash.bashrc

            在最下方添加

            export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
            source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

            保存并推出

            source /etc/profile

            source /etc/bash.bashrc

           五、检查安装情况

            分别输入：tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help

            没有报错的话 ，就说明安装成功

           六、常见问题

            1、在使用recon-all功能时，提示os is missing bc (binary calculator) utility，需要安装bc工具才能运行，执行命令：apt-get install bc

            2、freeview不能正常使用，原本可能是有些安装依赖包没有安装，按照错误提示安装所需安装包即可，注意，ubuntu版本需要是18.04以上，否则官方库找不到对应的依赖包安装。

             3、使用案例可以参考此链接