鲲鹏云服务器移植GMAP

GMAP是mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

获取源码

获取“gmap-2015-09-21”源码包。

cd /usr/local/src

wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz

编译和安装

1. 解压并进入源码包。

   cd /usr/local/src/

   tar -zxvf gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz && cd gmap-2015-09-21/

2. 配置生成Makefile。

   ./configure --prefix=/usr/local/GMAP --build=arm-linux

3. 编译和安装。

   make -j4 && make install

4. 配置GMAP环境。

1. 在文件“/etc/profile”末尾添加如下内容。

   export PATH=$PATH:/usr/local/GMAP/bin

2. 按“Esc”，并且输入“wq!”保存退出。

3. 输入如下命令，使环境变量生效。

   source /etc/profile

运行和验证。

查看GMAP版本信息。

gmap --version

回显类似如下信息，代表GMAP安装成功。

GMAP version 2015-09-21 called with args: gmap --version

GMAP Genomic Mapping and Aligment Program
Part of GMAP package, version 2015-09-21
Build target: arm-unknown-linux-gnu
Features: pthreads enabled, alloca available, zlib available, mmap available, littleendian, sigaction available,64 bits available
Popcnt: builtin_popcount
Builtin functions: bultin_clz builtin_ctz builtin_popcount
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