【数据挖掘实战】——中医证型的关联规则挖掘(Apriori算法)
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一、背景和挖掘目标
1、问题背景
- 中医药治疗乳腺癌有着广泛的适应证和独特的优势。从整体出发,调整机体气血、阴阳、脏腑功能的平衡,根据不同的临床证候进行辨证论治。确定“先证而治”的方向:即后续证侯尚未出现之前,需要截断恶化病情的哪些后续证侯。
- 找出中医症状间的关联关系和诸多症状间的规律性,并且依据规则分析病因、预测病情发展以及为未来临床诊治提供有效借鉴。能够帮助乳腺癌患者手术后体质的恢复、生存质量的改善,有利于提高患者的生存机率。
2、传统方法的缺陷
- 中医辨证极为灵活,虽能够处理患者的复杂多变的临床症状,体现出治疗优势。但缺乏统一的规范,难以做到诊断的标准化。
- 疾病的复杂性和体质的差异性,造成病人大多是多种证素兼夹复合。临床医师可能会被自身的经验所误导,单纯对症治疗,违背了中医辨证论治的原则。
- 同一种疾病的辨证分型,往往都有不同见解,面对临床症状不典型的患者,初学者很难判断。
3、原始数据情况
患者信息数据:包含患者的基本信息以及病理症状等。
4、挖掘目标
- 借助三阴乳腺癌患者的病理信息,挖掘患者的症状与中医证型之间的关联关系;
- 对截断治疗提供依据,挖掘潜性证素。
二、分析方法和过程
1、初步分析
- 针对乳腺癌患者,可运用中医截断疗法进行治疗,在辨病的基础上围绕各个病程的特殊证候先证而治型;
- 依据医学指南,将乳腺癌辨证统一化,为六种证型。且患者在围手术期、围化疗期、围放疗期和内分泌治疗期等各个病程阶段,基本都会出现特定的临床症状。
- 通过关联规则算法,挖掘各中医证素与乳腺癌TNM分期之间的关系。探索不同分期阶段的三阴乳腺癌患者的中医证素分布规律,以及截断病变发展、先期干预的治疗思路,指导三阴乳腺癌的中医临床治疗。
2、总体过程
第1步:数据获取
- 拟定调查问卷表并形成原始指标表;
- 定义纳入标准与排除标准;
- 将收集回来的问卷表整理成原始数据。
- 问卷信息采集者均要求有中医诊断学基础,能准确识别病人的舌苔脉象,用通俗的语言解释医学术语,并确保患者信息填写准确;
- 问卷调查对象必须是三阴乳腺癌患者,他们是某省中医院以及肿瘤医院等各大医院各病程阶段1253位三阴乳腺癌患者。
拟定调查问卷表并形成原始指标表:
定义纳入标准与排除标准:
标准 |
详细信息 |
纳入标准 |
病理诊断为乳腺癌。
病历完整,能提供既往接受检查、治疗等相关信息,
包括发病年龄、月经状态、原发肿瘤大小、区域淋巴结状态、
组织学类型、组织学分级、P53表达、VEGF表达等,
作为临床病理及肿瘤生物学的特征指标。
没有精神类疾病,能自主回答问卷调查者。
|
排除标准 |
本研究中临床、病理、肿瘤生物学指标不齐全者。
存在第二肿瘤(非乳腺癌转移)。
精神病患者或不能自主回答问卷调查者。
不愿意参加本次调查者或中途退出本次调查者。
填写的资料无法根据诊疗标准进行分析者。
|
第2步:数据预处理
2.属性规约:删除不相关属性,选取其中六种证型得分、患者编号和TNM分期属性。
患者 编号 |
肝气郁结证得分 |
热毒蕴结证得分 |
冲任失调证得分 |
气血两虚证得分 |
脾胃虚弱证得分 |
肝肾阴虚证得分 |
TNM分期 |
20140001 |
7 |
30 |
7 |
23 |
18 |
17 |
H4 |
20140179 |
12 |
34 |
12 |
16 |
19 |
5 |
H4 |
…… |
…… |
…… |
…… |
…… |
…… |
…… |
…… |
20140930 |
4 |
4 |
12 |
12 |
7 |
15 |
H4 |
数据离散化:Apriori关联规则算法无法处理连续性数值变量,对数据进行离散化。本例采用聚类算法对各个证型系数进行离散化处理,将每个属性聚成四类。
聚类离散化,最后的result的格式为:
1 2 3 4
A 0 0.178698 0.257724 0.351843
An 240 356.000000 281.000000 53.000000
即(0, 0.178698]有240个,(0.178698, 0.257724]有356个,依此类推。
第3步:构建模型
1、中医证型关联模型:
聚类之后的结果:
Apriori关联规则算法
首先设置建模参数最小支持度、最小置信度,输入建模样本数据。然后采用Apriori关联规则算法对建模的样本数据进行分析,以模型参数设置的最小支持度、最小置信度以及分析目标作为条件,如果所有的规则都不满足条件,则需要重新调整模型参数,否则输出关联规则结果。
2、模型分析
TNM分期为H4期的三阴乳腺癌患者证型主要为肝肾阴虚证、热毒蕴结证、肝气郁结证和冲任失调,H4期患者肝肾阴虚证和肝气郁结证的临床表现较为突出,其置信度最大达到87.96%。
3、模型应用
根据关联结果,结合实际情况,为患者未来的症治提供有效的帮助。
a)IV期患者出现肝肾阴虚证之表现时,应当以滋养肝肾为补,清热解毒为攻,攻补兼施,截断热毒蕴结证的出现。
b)患者多有肝气郁结证的表现,治疗时须重视心理调适,对其进行身心一体的综合治疗。
三、思考和总结
1、Python的流行库中都没有自带的关联规则函数,相应的关联规则函数,函数依赖于Pandas库。该函数是很高效的(就实现Apriori算法而言),可作为工具函数在需要时使用。
- 2、Apriori算法的关键两步为找频繁集与根据置信度筛选规则,明白这两步过程后,才能清晰的编写相应程序。
- 3、本案例采用聚类的方法进行数据离散化,其他的离散化方法如:等距、等频、决策树、基于卡方检验等,试比较各个方法的优缺点。
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