OpenMM | PDBFixer 用于蛋白质预处理

环境

• Python=3.8
• OpenMM=7.6

PDBFixer 用于蛋白质预处理

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import openmm as mm
     
    
   

    

     

    
    

     

      import openmm.app as app
     
    
   

    

     

    
    

     

      from openmm import unit
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pdbfixer
     
    
  
 

载入数据

fixer = pdbfixer.PDBFixer('data/3poz.pdb')
 

设置力场

forcefield = app.ForceField("amber14-all.xml", "amber14/tip3pfb.xml")
 

异质分子（heterogen）的去除

去除蛋

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原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/122962861