RDKit | 基于RDKit探索化学空间-smiles悬停

环境

• Win10
• RDKit2021.09.2
• Python=3.7

基于RDKit探索化学空间-smiles悬停

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import sys
     
    
   

    

     

    
    

     

      import os
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import altair as alt
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import PandasTools
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import RDConfig
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn.decomposition import PCA
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(rdBase.rdkitVersion)
     
    
  
 

载入数据

ROMol对象转换为smiles

  

   

    

     

    
    

     

      df = PandasTools.LoadSDF('cdk2.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      df['SMILES&#
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/122900013