富集分析结果可视化

加载R包

  

   

    

     

    
    

     

      library(tidyverse)
     
    
   

    

     

    
    

     

      library(stringr)
     
    
   

    

     

    
    

     

      library(circlize)
     
    
   

    

     

    
    

     

      library(ComplexHeatmap)
     
    
   

    

     

    
    

     

    
  
 

导入数据

load("data.RData")

 

获取连续型颜色代码

  

   

    

     

    
    

     

      col_fun = colorRamp2(c(-5,0,5), c("blue","white","red"))
     
    
   

    

     

    
    

     

      col_fun(seq(-5,5, by=2.5))
     
    
  
 

数据清洗

在这里只展示了自己感兴趣的基因，由于要根据FC值对基因进行颜色填充，因此通过上方的代码生成对应的16进制颜色，经过case_when将颜色与数据整合

  

   

    

     

    
    

     

      df <- dd %>% as.data.frame() %>% 
     
    
   

    

     

    
    

     

        separate_rows(.,geneID,convert=TRUE,sep="/") %>%
     
    
   

    

     

    
    

     

        left_join(.,geneList %>% as.data.frame() %>% dplyr::rename(FC=".") %>%
     
    
   

    

     

    
    

     

                    rownames_to_column(var="geneID"),by="geneID") %>%
     
    
   

    

     

    
    

     

        select(2,geneID,Count,FC) %>%
     
    
   

    

     

    
    

     

        filter(Description %in% c("Photosynthesis",
     
    
   

    

     

    
    

     

        "Photosynthesis - antenna proteins","Fatty acid metabolism")) %>%
     
    
   

    

     

    
    

     

        mutate(col=
     
    
  
 

文章来源: wenyusuran.blog.csdn.net，作者：文宇肃然，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：wenyusuran.blog.csdn.net/article/details/122535896