Biopython | 计算蛋白质的接触图(contact map)

contact map

蛋白质接触图使用二元二维矩阵表示三维蛋白质结构的所有可能的氨基酸残基对之间的距离。

 计算contact map

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      from Bio import SeqIO
     
    
   

    

     

    
    

     

      import matplotlib.pyplot as plt
     
    
   

    

     

    
    

     

      import requests 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn.metrics import pairwise_distances
     
    
   

    

     

    
    

     

      %matplotlib inline
     
    
  
 

定义坐标提取函数

  

   

    

     

    
    

     

      def get_ca_coords(pdb='1LUC', chain='A'):
     
    
   

    

     

    
    

     
    
     
    
   

    

     

    
    

     

          url = f'https://files.rcsb.org/download/{pdb}.pdb'
     
    
   

    

     

    
    

     

          r = requests.get(url)
     
    
   

    

     

    
    

     

          r.raise_for_status()
     
    
   

    

     

    
    

     
    
     
    
   

    

     

    
    

     

          lines = r.text.splitlines()
     
    
   

    

     

    
    

     
    
     
    
   

    

     

    
    

     

          out = []
     
    
   

    

     

    
    

     
    
     
    
   

    

     

    
    

     
    for line 
     
    
  
 

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原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/121118617