《统计学习方法(第2版)》李航 第16章 主成分分析 PCA 思维导图笔记 及 课后习题答案(步骤详细)PCA 矩阵奇异值
16.1
对以下样本数据进行主成分分析:
由于手解数据不是那么“友好”所以直接用代码求解:
import numpy as np
X = np.array([[2, 3, 3, 4, 5, 7],
[2, 4, 5, 5, 6, 8]], dtype='float')
def normalize_data(data_array):
m, n = data_array.shape
for i in range(m):
data_array[i] = data_array[i] - data_array[i].mean()
data_array[i] = data_array[i] / np.sqrt(data_array[i].var())
return data_array
X = normalize_data(X)
# 利用奇异值分解进行PCA
X_prime = X.T / np.sqrt(X.shape[1] - 1)
U, Sigma, VT = np.linalg.svd(X_prime)
print(f'主成分方差贡献相对大小/主成分方差为:{Sigma}')
print(f'主成分所在的轴向/主成分投影矢量为:{[x for x in VT]}')
# 计算主成分与各原变量的相关系数/因子负荷
factor_loading = np.zeros((VT.shape[0], VT.shape[1]))
for j in range(factor_loading.shape[0]):
for i in range(factor_loading.shape[1]):
factor_loading[j, i] = Sigma[j] * VT[j, i]
print(f'主成分与各原变量的相关系数/因子负荷:\n{factor_loading}')
# 计算主成分矢量对于各样本的方差贡献率
contribution_2samples = np.zeros(VT.shape[1])
for i in range(len(contribution_2samples)):
contribution_2samples[i] = (factor_loading[:, i] ** 2).sum()
print(f'主成分矢量对于各样本的方差贡献率:\n{contribution_2samples}')
# 计算各个样本的主成分值
principle_conmponents = np.zeros((VT.shape[0], X.shape[1]))
for i in range(X.shape[1]):
principle_conmponents[:, i] = VT @ X[:, i]
print(f'PCA matrix:\n{principle_conmponents}')
主成分方差贡献相对大小/主成分方差为:[1.52983485 0.24414203]
主成分所在的轴向/主成分投影矢量为:[array([0.70710678, 0.70710678]), array([ 0.70710678, -0.70710678])]
主成分与各原变量的相关系数/因子负荷:
[[ 1.0817566 1.0817566 ]
[ 0.17263449 -0.17263449]]
主成分矢量对于各样本的方差贡献率:
[1.2 1.2]
PCA matrix:
[[-2.02792041 -0.82031104 -0.4330127 0. 0.82031104 2.46093311]
[ 0.2958696 -0.04571437 -0.4330127 0. 0.04571437 0.1371431 ]]
分析:
首先从主成分方差可以看出,第一个主成分远大于第二个,所以数据主要分布在第一个轴上(贡献率
),或者说其实数据本身更接近一个一维分布;
从主成分投影矢量可以看出,第一个轴其实就是二维坐标系中,与原来的 轴呈45度的, 直线的方向,第二个就是正交的,在原来 坐标系里 的方向。这个特点其实从原本的数据中是能看出来的,数据确实主要分布在 直线的附近;从SVD分析的角度,可知,多个样本主要贡献了/对应了两种模式,对于最重要的第一种模式,其对原本的两个特征贡献相同,说明这种模式贡献到了原两个特征的平分处(角平分线),也反映了数据主要方差集中在这个方向,对于第二种模式,贡献也是相同的,正负反映了其对应的贡献方向(原基组下为 )
从相关系数可以看出,第一个主成分(投影到 直线上的分量)贡献最大,且确实对原本的变量贡献程度相等,第二个主成分是投影到 直线上的数据值,相关程度也相等,正负相关,说明沿着这个主成分轴方向x值(原第一变量)变大,y值(原第二变量)变小,确实也如此;
从主成分矢量对于样本方差贡献率可知,因为没有截断,所以是完全贡献,超过1是因为这里是样本PCA,不是总体/布居PCA;
从投影主成分轴之后的PCA matrix
可以看出,其基本都落在新的第一主成分轴上(因为第二主成分都接近0),也就是原变量标准基下的
轴。
16.2
证明样本协方差矩阵 是总体协方差矩阵 的无偏估计。
证明:
若 来自独立同分布 ,其分布满足: ; 。n个x为取出的样本,则样本均值为:
则样本均值的期望为:
其中第二个等号是因为它们都来自相同分布,因此期望都相同。
样本均值的协方差为:
最后一个等于号是因为各个样本都是独立同分布(iid),所以互不相关,所以求和号可以提出来。且因为互不相关,因此对于 :
从而可以去掉一个求和号:
其中倒数第二行最后一个等号是因为它们都来自相同分布,因此协方差都相同。
令$$
A=\sum_{i=1}^{n}\left(x_{i}-\bar{x}\right)\left(x_{i}-\bar{x}\right)^{T}
\begin{aligned} E(A) &=E\left[\sum_{i=1}^{n}\left(x_{i}-\bar{x}\right)\left(x_{i}-\bar{x}\right)^{T}\right] \ &=E\left{\sum_{i=1}^{n}\left[\left(x_{i}-\mu\right)-(\bar{x}-\mu)\right]\left[\left(x_{i}-\mu\right)-(\bar{x}-\mu)\right]^{T}\right} \ &=E\left{\sum_{i=1}^{n}\left[\left(x_{i}-\mu\right)\left(x_{i}-\mu\right)^{T}+\bar{x} \bar{x}^{T}-x_{i} \bar{x}^{T}+x_{i} \mu^{T}-\bar{x} x_{i}^{T}+\mu x_{i}^{T}-\mu \mu^{T}\right]\right} \ &=\sum_{i=1}^{n} E\left[\left(x_{i}-\mu\right)\left(x_{i}-\mu\right)^{T}\right]+E\left[n \bar{x} \bar{x}^{T}-\left(\sum_{i=1}^{n} x_{i}\right) \bar{x}^{T}+\left(\sum_{i=1}^{n} x_{i}\right) \mu^{T}-\bar{x}\left(\sum_{i=1}^{n} x_{i}^{T}\right)+\mu\left(\sum_{i=1}^{n} x_{i}^{T}\right)-n \mu \mu^{T}\right] \ &=\sum_{i=1}^{n} E\left[\left(x_{i}-\mu\right)\left(x_{i}-\mu\right)^{T}\right]+E\left(n \bar{x} \bar{x}^{T}-n \bar{x} \bar{x}^{T}+n \bar{x} \mu^{T}-n \bar{x} \bar{x}^{T}+n \mu \bar{x}^{T}-n \mu \mu^{T}\right) \ &=\sum_{i=1}^{n} E\left[\left(x_{i}-\mu\right)\left(x_{i}-\mu\right)^{T}\right]-n E\left(\bar{x} \bar{x}^{T}-\bar{x} \mu^{T}-\mu \bar{x}^{T}+\mu \mu^{T}\right) \ &=\sum_{i=1}^{n} E\left[\left(x_{i}-E\left(x_{i}\right)\right)\left(x_{i}-E\left(x_{i}\right)\right)^{T}\right]-n \times E\left[(\bar{x}-\mu)(\bar{x}-\mu)^{T}\right] \ &=\sum_{i=1}^{n} \operatorname{Cov}\left(x_{i}\right)-n \times E\left[(\bar{x}-\mu)(\bar{x}-\mu)^{T}\right] \ &=n \times \Sigma-n \times E\left[(\bar{x}-\mu)(\bar{x}-\mu)^{T}\right] \ &=n \times \Sigma-n \times E\left[(\bar{x}-E(\bar{x}))(\bar{x}-E(\bar{x}))^{T}\right] \ &=n \times \Sigma-n \times \operatorname{Cov}(\bar{x}) \ &=n \times \Sigma-n \times \frac{1}{n} \Sigma \ &=(n-1) \Sigma \end{aligned}
而样本协方差$S$与$A$关系为:\begin{aligned} S &=\frac{1}{n-1} \sum_{i=1}^{n}\left(x_{i}-\bar{x}\right)\left(x_{i}-\bar{x}\right)^{T} \ &= \frac{1}{n-1} A \end{aligned}
\begin{aligned} E(S) &= \frac{1}{n-1} E(A) \ &= \frac{1}{n-1} (n-1) \Sigma = \Sigma \end{aligned}
# 16.3 设X维数据规范化样本矩阵,则主成分分析等价于求解一下最优化问题:\begin{array}{c}\min {L}|X-L|{F} \ \text { s.t. } \quad \operatorname{rank}(L) \leq k\end{array}
这里$F$是弗罗贝尼乌斯范数,$k$为主成分甘薯。试问为什么? 首先PCA的求解完全可以用SVD方法进行,只不过对于原来的矩阵进行变形,但是:\min {L}\left|\frac{X^{\prime}}{\sqrt{n-1}}-L\right|{F}
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