RDKit | 化合物亚结构搜索与结果输出
【摘要】 环境
Python 3.6
RDKit 2019
方法
假定搜索目标化合物作为Mol字符串包含在称为mols的列表中。 可以在以下流程中执行部分结构搜索,并突出显示匹配化合物的匹配部分结构。
导入库
from rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem import Draw, Descriptorsfrom rdkit...
环境
- Python 3.6
- RDKit 2019
方法
假定搜索目标化合物作为Mol字符串包含在称为mols的列表中。 可以在以下流程中执行部分结构搜索,并突出显示匹配化合物的匹配部分结构。
导入库
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from rdkit.Chem import AllChem
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from rdkit.Chem import Draw, Descriptors
-
from rdkit.Chem import PandasTools
生成部分结构作为查询
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query = AllChem.MolFromSmiles("c1ccccc1c1ccccc1")
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Draw.MolToImage(query)
分子库
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suppl = AllChem.SDMolSupplier('structures.sdf')
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mols = [x for x in suppl if x is not None]
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print (le
文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。
原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/102464673
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