Linux（64位）下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战（三）

Python调用OpenBabel的API，输出sdf文件中分子的分子量

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第一种方式

from pybel import *

for molecule in readfile("sdf","Sofosbuvir.sdf"):
    print molecule.molwt

第二种方式

  

   

    

     

    
    

     

      from openbabel import *
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      obconversion = OBConversion()
     
    
   

    

     

    
    

     

      obconversion.SetInFormat("sdf")
     
    
   

    

     

    
    

     

      obmol = OBMol()
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      notatend = obconversion.ReadFile(obmol,"Sofosbuvir.sdf")
     
    
   

    

     

    
    

     

      while notatend:
     
    
   

    

     

    
    

     
 print obmol.GetMolWt()
     
    
   

    

     

    
    

     

       obmol = OBMol()
     
    
   

    

     

    
    

     

       notatend = obconversion.Read(obmol)
     
    
  
 

多分子sdf文件中分子的分子量输出

实例

  

   

    

     

    
    

     

      from pybel import *
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      for molecule in readfile("sdf","NatProduct.sdf"):
     
    
   

    

     

    
    

     
 print molecule.molwt
     
    
  
 

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