Linux（64位）下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战（一）

基于OpenBabel2.4.1的Python绑定开发，我自己绑定的Python版本为Python2.7.

openbabel2.4手手册和pybel和openbabel库的使用。

下面是手册中的一个例子，练手！

  

   

    

     

    
    

     

      import openbabel, pybel
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol = openbabel.OBMol()
     
    
   

    

     

    
    

     

      a = mol.NewAtom()
     
    
   

    

     

    
    

     

      a.SetAtomicNum(6)   # carbon atom
     
    
   

    

     

    
    

     

      a.SetVector(0.0, 1.0, 2.0) # coordinates
     
    
   

    

     

    
    

     

      b = mol.NewAtom()
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol.AddBond(1, 2, 1)   # atoms indexed from 1
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      pybelmol = pybel.Molecule(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      pybelmol.write("sdf", "outputfile.sdf")
     
    
  
 

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