RDKit：计算不同分子或构象之间的RMSD

RDKit：计算不同分子或构象之间的RMSD

Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正)点击打开链接

有时我们需要计算两个（或更多）分子之间的RMSD，可以用来判断两个构象的接近程度。

RDKit一款免费开源的化学信息学与机器学习软件，提供了C++和Python的API，利用其Python脚本很容易计算多个分子或构象之间的RMSD。

软硬件环境

系统：CentOS 7.3（64位）

软件：RDKit Python2.7

RDKit的RMSD计算脚本

      #!/usr/bin/python
      '''
      calculates RMSD differences between all
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/78578658