RDKit:运用RDKit计算USRCAT

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DrugAI 发表于 2021/07/15 06:00:08 2021/07/15
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【摘要】 USRCAT USRCAT是基于形状的方法,它的工作速度非常快。代码是免费提供的,如果要使用代码,用户需要安装它。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/ RDKit代码: import osimport seaborn as snsimport pandas as pdfrom rdkit impo...

USRCAT

USRCAT是基于形状的方法,它的工作速度非常快。代码是免费提供的,如果要使用代码,用户需要安装它。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/

RDKit代码:


      import os
      import seaborn as sns
      import pandas as pd
      from rdkit import Chem
      from rdkit.Chem import rdBase
      from rdkit.Chem import RDConfig
      from rdkit.Chem import AllChem
      from rdkit.Chem.rdMolDescriptors import GetUSRScore, GetUSRCAT
      from rdkit.Chem import DataStructs
      print( rdBase.rdkitVersion )
      mols = [ mol for mol in Chem.SDMolSupplier( "cdk2.sdf" ) ]
      for mol in mols:
      AllChem.EmbedMolecule( mol,
       useExpTorsionAnglePrefs = True,
       useBasicKnowledge = True )
      usrcats = [ GetUSRCAT( mol ) for mol in mols ]
      fps = [ AllChem.GetMorg
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。

原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/81570335

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