RDKit：运用RDKit计算USRCAT

USRCAT

USRCAT是基于形状的方法，它的工作速度非常快。代码是免费提供的，如果要使用代码，用户需要安装它。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/

RDKit代码：

  

   

    

     

    
    

     

      import os
     
    
   

    

     

    
    

     

      import seaborn as sns
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdBase
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import RDConfig
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.rdMolDescriptors import GetUSRScore, GetUSRCAT
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      print( rdBase.rdkitVersion )
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols = [ mol for mol in Chem.SDMolSupplier( "cdk2.sdf" ) ]
     
    
   

    

     

    
    

     

      for mol in mols:
     
    
   

    

     

    
    

     
 AllChem.EmbedMolecule( mol, 
     
    
   

    

     

    
    

     

       useExpTorsionAnglePrefs = True,
     
    
   

    

     

    
    

     

       useBasicKnowledge = True )
     
    
   

    

     

    
    

     

      usrcats = [ GetUSRCAT( mol ) for mol in mols ]
     
    
   

    

     

    
    

     

      fps = [ AllChem.GetMorg
     
    
  
 

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