RDKit：基于RECAP生成片段

尝试使用RECAP进行分子碎裂！

RDKit代码：

  

   

    

     

    
    

     

      #导入模块，载入分子
     
    
   

    

     

    
    

     

      #!usr/bin/python3
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Recap
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol = Chem.MolFromSmiles('O=c1nc([nH]c2NCC(Nc12)CN(c1ccc(cc1)C(=O)NC(CCC(=O)O)C(=O)O)C=O)N')
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #输出分子
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #结果以树结构形式获得
     
    
   

    

     

    
    

     

      node = Recap.RecapDecompose(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      print (node)
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #输出叶节点片段
     
    
   

    

     

    
    

     

      leaves = [leaf.mol for leaf in node.GetLeaves().values()]
     
    
   

    

     

    
    

     

      img = Draw.MolsToGridImage(leaves)
     
    
   

    

     

    
    

     

      img.save('leaves.png')
     
    
  
 

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