RDKit：化合物相似性搜索（基于Python3）

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索

化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史，许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。

本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。

代码实例：

  

   

    

     

    
    

     

      #导入依赖包
     
    
   

    

     

    
    

     

      #!/usr/bin/env python3
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem as ch
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw as d
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import DataStructs
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #载入分子库
     
    
   

    

     

    
    

     

      suppl = ch.SDMolSupplier('drugbank.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols = [x for x in suppl if x is not None]
     
    
   

    

     

    
    

     

      len(mols) #计算分子库分子数目
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #读入查询分子，计算指纹
     
    
   

    

     

    
    

     

      nicotine = ch.MolFromSmiles('O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O')
     
    
   

    

     

    
    

     

      nicotine_fingerprint = ch.GetMorganFingerprint(nicotine, 2)
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #计算分子库每个分子指纹
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols_fps = [(m, ch.GetMorganFingerprint(m, 2)) for m in mols]
     
    
  
 

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