RDKit：化学指纹（Chemical Fingerprinting）

化学指纹识别是一种将绘制的分子转换为0和1位的流的方法。旧指纹类型是MACCS密钥，由前MDL开发，作为在分子数据库中进行子结构筛选的快速方法。公共版本包含166个键，即166 0和1，其中每个键对应于特定的分子特征，例如存在羰基（键154：（'[＃6] = [＃8]'，0），RDkit中的#C  = O.实现）.RDkit中可用的另一种指纹是摩根型指纹，它是一种圆形指纹。每个原子的环境和连通性被分析到给定的半径，并且每种可能性都被编码。通常使用散列算法将很多可能性压缩到预定长度，例如1024。因此，圆形指纹是原子类型和分子连通性的系统探索，而MACCS键依赖于要匹配的预定义分子特征。

  

   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      #!/usr/bin/python3
     
    
   

    

     

    
    

     

      # In[1]:
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import MACCSkeys
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      # In[2]:
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol = Chem.MolFromSmiles('CCCN')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol2 = Chem.MolFromSmiles('CCCO')
     
    
   

    

     

    
    

     

      # In[3]:
     
    
   

    

     

    
    

     

      fp1 = MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      # In[4]:
     
    
   

    

     

    
    

     

      print (fp1.ToBitString())
     
    
   

    

     

    
    

     

      # out[4]:
     
    
   

    

     

    
    

     

      00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001010000000000000001000100000010011
     
    
  
 

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