RDKit：基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。

《仅供参考》

  

   

    

     

    
    

     

      # In[1]:导入依赖包
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem, DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Descriptors
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.EState import Fingerprinter
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import matplotlib.pyplot as plt
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn.preprocessing import StandardScaler
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn import cross_validation
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn.metrics import r2_score
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn.ensemble import RandomForestRegressor
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn import gaussian_process
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn.gaussian_process.kernels import Matern, WhiteKernel, ConstantKernel, RBF
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      # In[2]:定义描述符计算函数
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      def get_fps(mol):
     
    
   

    

     

    
    

     

       calc=MoleculeDescriptors.MolecularDescriptorCalculator([x[0] for x in Descriptors._descList])
     
    
   

    

     

    
    

     

       ds = np.asarray(calc.CalcDescr
     
    
  
 

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