Biopython：Fasta格式转CSV格式

Fasta格式转CSV格式

  

   

    

     

    
    

     

      #载入数据
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      meta=[]
     
    
   

    

     

    
    

     

      sequence=[]
     
    
   

    

     

    
    

     

      seq = ('ls_orchid.fasta')
     
    
   

    

     

    
    

     

      for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"):
     
    
   

    

     

    
    

     

       meta.append(str(seq_record.id))
     
    
   

    

     

    
    

     

       sequence.append(str(seq_record.seq))
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #print(sequence)
     
    
   

    

     

    
    

     

      df= pd.DataFrame(data ={'Meta':meta,'SequenceID':sequence})
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(df)
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #数据存入csv
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      df.to_csv("nc_data.csv", sep=',',index=False)
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

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