Biopython:Fasta格式转CSV格式

举报
DrugAI 发表于 2021/07/15 03:55:04 2021/07/15
【摘要】 Fasta格式转CSV格式 #载入数据 meta=[]sequence=[]seq = ('ls_orchid.fasta')for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"): meta.append(str(seq_record.id)) sequence.append(str(seq_record.seq)) #print(seq...

Fasta格式转CSV格式


      #载入数据
      meta=[]
      sequence=[]
      seq = ('ls_orchid.fasta')
      for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"):
       meta.append(str(seq_record.id))
       sequence.append(str(seq_record.seq))
  
 

      #print(sequence)
      df= pd.DataFrame(data ={'Meta':meta,'SequenceID':sequence})
      print(df)
  
 


      #数据存入csv
      df.to_csv("nc_data.csv", sep=',',index=False)
  
 

 

 

文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。

原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/82532266

【版权声明】本文为华为云社区用户转载文章,如果您发现本社区中有涉嫌抄袭的内容,欢迎发送邮件进行举报,并提供相关证据,一经查实,本社区将立刻删除涉嫌侵权内容,举报邮箱: cloudbbs@huaweicloud.com
  • 点赞
  • 收藏
  • 关注作者

评论(0

0/1000
抱歉,系统识别当前为高风险访问,暂不支持该操作

全部回复

上滑加载中

设置昵称

在此一键设置昵称,即可参与社区互动!

*长度不超过10个汉字或20个英文字符,设置后3个月内不可修改。

*长度不超过10个汉字或20个英文字符,设置后3个月内不可修改。