基于RDKit探索DrugBank

如题：仅供参考

  

   

    

     

    
    

     

      #导入依赖包
     
    
   

    

     

    
    

     

      #!/usr/bin/python3
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #载入数据
     
    
   

    

     

    
    

     

      #获取数据集中第一个分子
     
    
   

    

     

    
    

     

      drugbank = Chem.SDMolSupplier('structures.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      drugbank[0]
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #获取数据集中第一个分子名称
     
    
   

    

     

    
    

     

      drugbank[0].GetProp('GENERIC_NAME')
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #输出数据集中分子包含的属性
     
    
   

    

     

    
    

     

      properties = drugbank[0].GetPropNames()
     
    
   

    

     

    
    

     

      for prop in properties:
     
    
   

    

     

    
    

     

       print(prop)
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #获取数据集中批准的药物数目
     
    
   

    

     

    
    

     

      approved = []
     
    
   

    

     

    
    

     

      for drug in drugbank:
     
    
   

    

     

    
    

     
 if drug and 'approved' in drug.GetProp('DRUG_GROUPS'):
     
    
   

    

     

    
    

     

       approved.append(drug)
     
    
   

    

     

    
    

     

      len(approved)
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/82954600