Python生物信息学①将RNA序列翻译成蛋白质序列。

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DrugAI 发表于 2021/07/15 03:56:11 2021/07/15
【摘要】 环境 OS version : Win10 x64python_version : Python 3.6.5 实例代码 codon_table = { 'GCU':'A', 'GCC':'A', 'GCA':'A', 'GCG':'A', 'CGU':'R', 'CGC':'R', 'CGA':'R', 'CGG':'R', 'AGA':'R', 'AGG':...

环境


      OS version : Win10 x64
      python_version  : Python 3.6.5
  
 

实例代码


      codon_table = {
      'GCU':'A', 'GCC':'A', 'GCA':'A', 'GCG':'A', 'CGU':'R', 'CGC':'R',
      'CGA':'R', 'CGG':'R', 'AGA':'R', 'AGG':'R', 'UCU':'S', 'UCC':'S',
      'UCA':'S', 'UCG':'S', 'AGU':'S', 'AGC':'S', 'AUU':'I', 'AUC':'I',
      'AUA':'I', 'UUA':'L', 'UUG':'L', 'CUU':'L', 'CUC':'L', 'CUA':'L',
      'CUG':'L', 'GGU':'G', 'GGC':'G', 'GGA':'G', 'GGG':'G', 'GUU':'V',
      'GUC':'V', 'GUA':'V', 'GUG':'V', 'ACU':'T', 'ACC':'T', 'ACA':'T',
      'ACG':'T', 'CCU':'P', 'CCC':'P', 'CCA':'P', 'CCG':'P', 'AAU':'N',
      'AAC':'N', 'GAU':'D', 'GAC':'D', 'UGU':'C', 'UGC':'C', 'CAA':'Q',
      'CAG':'Q', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'CAU':'H', 'CAC':'H', 'AAA':'K',
      'AAG':'K', 'UUU':'F', 'UUC':'F', 'UAU':'Y', 'UAC':'Y', 'AUG':'M',
      'UGG':'W',
      'UAG':'STOP', 'UGA':'STOP', 'UAA':'STOP'
       }
  
 

      # 读取RNA序列字符串
      rna = ''
      for line in open('A06662-RNA.fasta'):
      if not line.startswith('>'):
       rna = rna + line.strip()
  
 

      # translate one frame at a time
      for frame in range(3):
       prot = ''
      print ('Reading frame ' + str(frame + 1))
      for i in range(frame, len(rna), 3):
       codon = rna[i:i + 3]
      if codon in codon_table:
      if codon_table[codon] == 'STOP':
       prot = prot + '*'
      else:
       prot = prot + codon_table[codon]
      else:
      # handle too short codons
       prot = prot + '-'
      # format to blocks of 48 columns
       i = 0
      while i < len(prot):
      print (prot[i:i + 48])
       i = i + 48
  
 

 

文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。

原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/88782828

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