RDKit：可视化药效团（Pharmacophore）

药效团

成药靶点中必定存在着能与药物结合的特异性结合位点。对某个靶点发挥活性的化合物在结构特征上必定有相似之处。这些化合物的最普遍的共有特性被定义为药效团（pharmacophore）

药效团模型的重要意义：

药效团模型不仅仅利用分子拓扑学相似性而且利用了基团的功能相似性，从而运用了生物电子等排体（bioisosterism）的概念使得模型更加可靠。如果仅仅考虑化合物之间形状的相似性，将会导致结合模式预测错误。如果将分子的药效团特征（氢键受体、氢键供体考虑在内）则会纠正这一错误。

RDKit中可视化药效团（Pharmacophore）

代码实例

  

   

    

     

    
    

     

      #导入依赖库
     
    
   

    

     

    
    

     

      from IPython import display
     
    
   

    

     

    
    

     

      import os
     
    
   

    

     

    
    

     

      import subprocess
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import RDConfig
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdMolAlign
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdShapeHelpers
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdMolDescriptors
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import PyMol
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonC
     
    
  
 

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